工程索赔的基本程序包含提出索赔要求、报送索赔资料和索赔报告、协商解决索赔问题、调解、诉讼。
1、提出索赔要求当出现索赔事项时，索赔方应在索赔事项发生后的28天内以书面信件正式发出索赔通知书，声明索赔权利。如果逾期再报，其索赔要求可能遭到拒绝。
2、报送索赔资料和索赔报告在正式提出索赔要求以后，索赔方应抓紧时间准备索赔资料，编写索赔报告，并在下一个28天以内正式提交索赔报告。如果索赔事项的影响是持续存在的，事态还在发展，则每隔28天报送一次补充资料。最后在索赔事项结束后的28天以内报送最终索赔报告，提出具体的索赔款额或工期延长天数。
3、协商解决索赔问题协商是指合同双方在自愿、互让互谅的基础上，按照工程项目的合同文件，通过友好谈判解决工程中产生的索赔问题，因此也被称为协商谈判。
4、调解当双方不能通过友好协商解决索赔问题时，可以按照施工合同专用条款的规定，请有关部门进行调解。调解人可以是双方都信耐的个人（工程技术专家、律师、估价师等），也可以是一个专门的组织（工程咨询或监理公司、工程管理公司、索赔争端评审组、合同争端评委会等等），调解人按照政策、法规及施工合同的规定，在划分各方责任的基础上提出解决方案。如果双方同意调解方案并签字，那么调解完成。
5、诉讼在双方和解不成，又没有仲裁协议的情况下，一方的当事人可以向有管辖权的法院提起诉讼。但是由于司法解决在当事人不服的情况下，可以再向上级法院提起上诉，这可能使索赔问题长期得不到解决，陷入旷日持久的诉讼中，花费大量的诉讼费用和时间。因此，当出现索赔问题时，应尽量避免通过诉讼解决。
1、必须以合同为依据
2、及时、合理地处理索赔，以完整、真实的索赔证据为基础
3、加强主动控制，减少索赔。
提出索赔的依据主要有以下几方面：
1、招标文件、施工合同文本及附件、补充协议、施工现场的各类签认记录，经认可的施工进度计划书，工程图纸及技术规范等。
2、双方往来的信件及各种会议，会谈纪要。
3、施工进度计划和实际施工进度记录、施工现场的有关文件（施工记录备忘录施工月报施工日志等）及工程照片。
4、气象资料、工程检查验收报告和各种技术鉴定报告、工程中送停电、送停水、道路开通和封闭的记录和证明。
5、国家有关法律法令政策性文件。
6、发包人或者工程师签认的签证。
7、工程核算资料，财务报告，财务凭证等。
8、各种验收报告和技术鉴定。
9、工程有关的图片片和录象。
10、备忘录，对工程师或业主的口头指示和电话应随时书面记录，并请给予书面确认。
11、投标前发包人提供的现场资料和参考资料。
12、其他，如官方发布的物价指数，汇率，规定等。
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