一、有关工程预付款的规定
工程预付款拨付的时间和金额应按照发承包双方的合同约定执行，合同中无约定的宜执行《建设工程价款结算办法》(财建[2004]369号)的相关规定执行：
(1)包工包料工程的预付款按合同约定拨付，原则上预付比例不低于合同金额的10%，不高于合同金额的30%，对重大工程项目，按年度工程计划逐年预付。计价执行《建设工程工程量清单计价规范》的工程，实体性消耗和非实体性消耗部分应在合同中分别约定预付款比例。
(2)在具备施工条件的前提下，发包人应在双方签订合同后的一个月内或不迟于约定的开工日期前的7天内预付工程款，发包人不按约定预付，承包人应在预付时间到期后10天内发包人发出要求预付的通知，发包人收到通知后仍不按要求预付，承包人可在发出通知14天后停止施工，发包人应从约定应付之日起向承包人支付应付款的利息(利率按同期银行贷款利率计)，并承担违约责任。
(3)预付的工程款必须在合同中约定抵扣方式，并在工程进度款中进行抵扣。
(4)凡是没有签订合同或不具备施工条件的工程，发包人不得预付工程款，不得以预付款为名转移资金。
二、工程预付款数额计算方法：
按合同中约定的数额：发包人根据工程的特点，工期长短，市场行情，供求规律等因素，招标时在合同条件中约定工程预付款的百分比，按此百分比计算工程预付款数额。
影响因素法：影响因素法是将影响工程预付款的每个因素作为参数，按其影响关系，进行工程预付款数额的计算。
三、如何约定施工合同中的预付款?
1、工程预付款的额度
建筑工程的预付款一般不宜超过当年建筑(包括水、电、暖、卫等)工程工作量的50%但也不能低于30%，大量采用预制构件以及工期在6个月以内的工程，可以适当增加比例。安装工程一般不宜超过当年安装工程量的20%，安装材料用量较大的工程可以适当增加。
2、工程预付款的扣回时间和方式
工程预付款应在工程开工后完成工程量达一定比例时在支付工程进度款时扣回或折抵进度款。折回或折抵的方式与比例应在合同中明确约定，如约定：“在完成年工程量总造价××%(以发包方代表签字确认的工程量报告为准)后的每月里，按每月工程进度款的××%扣回。在完成年工程量的××%扣完。”
3、运用担保手段降低风险
工程预付款支付的时间一般不迟于约定的开工日期前7天。为了能让工程预付款全部用于工程中而不被挪作他用，防止承包方收到工程预付款后不能按时进场施工，发包方可以在合同中约定由发包方对工程预付款的使用情况进行监督的办法。比如，规定特定的查帐方式或要求承包方提供购买材料的合同和发票等。另外如果支付的工程预付款数额较大，双方还可以协商约定承包方接受工程预付款的同时向发包方提供银行保函。当然，承包方也可以向业主要求出具支付保函。
一般来说，承发包双方如果能按以上三点要求，对工程预付款的数额及扣回方式进行合理约定，并能够采取有效措施切实履行这些约定，发包人支付工程预付款的风险和承包人被拖欠工程款的风险都是可以降低到合理的程度。
