在我国法律中，明确了建设工程施工合同纠纷按照不动产纠纷确定管辖，并不包含建设工程分包合同纠纷案件。故建设工程分包合同纠纷案件应当由被告住所地或者合同履行地法院管辖。
分包合同甲方一般是指发包方，首先要关心两个问题：
1、自身是否具有将工程分包的权利；
2、乙方是否具有实施分包工程的资质。其他需要注意的问题也很多，但注意的是：
第一，建议业主应在招投标阶段将指定分包内容明确化，业主招标文件不明确时应及时提出咨询。应在总承包合同条款中详细约定指定分包工程的具体内容，明确承、发包双方的权利义务和相关费用的收取方法。
第二，总包合同中，总包承包范围、工程工期等方面尽可能约定不包含指定分包工程内容。
第三，作为总承包人，应尽量避免与指定分包人签订指定分包合同，争取使发包人与指定分包人直接签订指定分包合同，使指定分包工程变为总包合同外工程。
第四，若必须与指定分包人签订指定分包合同的，争取签订包括发包人、指定分包人在内的三方协议，约定总承包人仅履行总包管理之责，付款义务在发包人一方。
第五，应保存好施工过程中与指定分包人之间的往来函件、签证、会议纪要等原始书面的证据资料。
第六，在指定分包工程的工程款经过总包帐户情形下，指定分包合同中还可明确约定，总承包人支付指定分包人工程款应以总承包人收到发包人的该部分工程款为前提条件，若指定分包人在不具备该前提条件的情况下，以任何形式向总承包人主张工程款均视为违约，应承担一定数额的违约金。
第七，若必须只与指定分包人签订指定分包合同的，应和发包人、指定分包人明确约定，应付给指定分包人的资金(工程款)必须先进入总包帐户之后再付给指定分包人，力戒发包人直接付款给指定分包人，同时可要求指定分包人提供履约保证金或履约保函。
《最高人民法院关于适用〈中华人民共和国民事诉讼法〉的解释》第二十八条第二款明确了建设工程施工合同纠纷按照不动产纠纷确定管辖，并不包含建设工程分包合同纠纷案件。故建设工程分包合同纠纷案件应当由被告住所地或者合同履行地法院管辖。
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