１、两者的定义不同
建设用地使用权是指在国家或集体所有的土地上建造并经营建筑物、构筑物及其附属设施的权利；宅基地使用权指的是农村集体经济组织的成员依法享有的在农民集体所有的土地上建造个人住宅的权利。
２、两者的使用主体不同
宅基地使用权是村民在集体经济组织内部享有的权利，非本集体成员并不享有宅基地使用权；建设用地使用权对主体并没有限制。
３、两者的土地权限不同
宅基地使用权人使用的土地只限于农村集体土地；根据《物权法》第十二章第一百三十五条的规定：“建设用地使用权人依法对国家所有的土地享有占有、使用和收益的权利，有权利用该土地建造建筑物、构筑物及其附属设施。”建设用地指的是国家所有的土地。
４、两者取得的费用条件不同
宅基地使用权的取得是无偿的；建设用地使用权的取得大部分情况下都是有偿的，需要交纳土地使用费，只有在划拨的情况下不用交纳。
根据《土地管理法》第43条、第59条等条款的规定，乡镇企业、乡（镇）村公共设施、公益事业、农村村民住宅等乡（镇）村建设，可以按规定申请农村集体建设用地使用权。农村集体建设用地使用权可分别按照如下方式取得：
１、乡镇企业用地。农村集体经济组织使用乡（镇）土地利用总体规划确定的建设用地兴办企业或者与其他单位、个人以土地使用权人股、联营等形式共同举办企业的，持有关批准文件；乡（镇）村公共设施和公益事业建设需要使用土地的，经乡（镇）人民政府审核，向县级以上地方人民政府土地行政主管部门提出申请，按照省、自治区、直辖市规定的批准权限，由县级以上地方人民政府批准。
２、申请农民宅基地的，需经乡（镇）人民政府审核，由县级人民政府批准。
１、建设用地批准文件是指国土资源管理部门依法核发的批准用地的许可文件，包括《建设用地批准书》、《国有土地划拨决定书》和《国有土地使用权证》等。
２、由规划部门核发的《建设用地规划许可证》也属于建设用地批准文件。《建设用地规划许可证》是建设单位在向土地管理部门申请征用、划拨土地之前，先经规划部门确认建设项目位置和范围符合城乡规划的法定凭证，是建设单位用地的前置审批条件。
３、没有规划部门核发的《建设用地规划许可证》，国土部门不得办理《建设用地批准书》、《国有土地划拨决定书》和《国有土地使用权证》等建设用地批准文件。
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