1、转让方未取得出让土地使用权证书与受让方订立合同转让土地使用权，起诉前转让方已经取得出让土地使用权证书或者有批准权的人民政府同意转让的,应当认定合同有效。
2、纳税义务人在合同中约定由合同相对人或第三人缴纳税款并不违反相关法律法规的强制性规定。
3、根据《中华人民共和国合同法》第一百一十四条的规定，对于当事人在合同中约定的违约金数额，只有在当事人请求调整、且合同约定的违约金数额确实低于或者过分高于违约行为给当事人造成的损失时，人民法院才能进行调整。
【案情简介】
一、《协议书》。2002年3月26日，某重型机械有限公司(下称A公司)与B房地产开发有限公司(下称B公司)签订《协议书》约定，合作开发某市南路西一巷48号地块(下称涉案土地)，面积约64.5亩;A公司负责办理出让手续、旧房拆迁及安置、三通一平工作，项目规划、设计、销售均由B公司负责;A公司与相关部门签署《国有土地出让合同》后十日内，由B公司按出让合同约定的土地出让金及相关出让费用支付给A公司，再由A公司向政府相关部门缴纳;B公司向A公司支付的土地补偿金按每亩94万元(不含土地出让金及相关税费)计算，合计6058.3万元;协议签订后两日内支付500万元，十日内支付1500万元，经相关部门批准A公司与B公司签订的《国有土地转让合同》十日内，支付剩余土地补偿金;建成后的商铺和住宅，A公司可按B公司确定的价格优先购买;B公司未依约付款的，自逾期之日起按应付款每日万分之四计息等。
二、《补充协议》。2002年4月2日，双方签订《补充协议》约定，94万元/亩中的流转税A公司承担76%，B公司承担24%，其余《协议书》履行过程中所有各项税费(包括但不限于土地增值税、交易税等)由B公司承担。以上税费须以A公司名义缴纳的，须由B公司如数支付给A公司。
三、《转让合同》。2002年12月，A公司与B公司签订《出让土地使用权转让合同书》(简称《转让合同》)约定，土地使用权转让价格为每平方米1223元，总额为5255.08万元，由A公司交纳土地增值税、B公司交纳有关税费及办理变更登记手续。2003年1月15日B公司取得相关部门批准。
四、合同或协议的履行情况。2002年4月2日，B公司以承兑汇票方式向A公司支付土地补偿金2000万元(该承兑汇票2002年9月到期，造成A公司贴现损失30.3万元);2002年10月30日、2003年1月20日、2005年1月5日、8月19日、8月29日、9月22日B公司向A公司支付土地补偿金合计2580万元。
A公司与相关部门签订《国有土地使用权出让合同》后，B公司向A公司支付土地出让金1050万元，A公司于2002年9月24日取得涉案土地使用权。
2003年1月15日，A公司与B公司办理了过户手续，B公司取得涉案土地国有土地使用权证。
A公司已缴纳契税41.25万元;申报营业税281.52万元，但实际缴纳242.52万元。
五、诉讼。2006年1月16日，A公司以B公司仅支付土地补偿金4549.7万元为由，起诉至法院，要求判令：B公司向A公司立即支付土地补偿金、相关税费合计3548.63万元及违约金756万元(截止2006年1月12日)及至全部清偿之日止的违约金;B公司向A公司立即依《转让合同》的约定支付土地转让金5255.08万元。
B公司辩称：A公司主张的“土地补偿金”与“土地转让金”是转让同一地块的不同阶段的称谓，其实质是土地转让价;《协议书》名为合作开发，实为土地使用权转让合同，《协议书》签订时，涉案土地是划拨地，A公司无权转让，依法无效;《转让合同》是唯一有效合同，双方应按《转让合同》的约定履行，B公司已超额支付土地转让款，不存在欠款;《转让合同》没有约定由B公司负担相关税费，不欠A公司任何税费;A公司无权主张违约金。
【争议焦点】
1、《协议书》、《补充协议》、《转让合同》是否合法有效?
2、《协议书》、《补充协议》、《转让合同》相互关系?
3、A公司是否有权从B公司付款中扣除远期汇票贴现利息?
4、本案违约金如何确定?
【法院判决】
1、一审判决。一审法院某中院认为《协议书》、《补充协议》、《转让合同》均为有效合同，并不冲突，基于双方签订了两份合同，双方均有过错，不支持A公司要求同时支付土地补偿金及转让金的主张，不支持A公司按日万分之四计算违约金。同时，认为税费实际发生后，才能主张。
遂判决：1、B公司向A公司支付土地补偿金1478.3万元及利息(自2005年9月23日起至判决确定的支付之日，以1478.3万元为基数，按中国人民银行同期贷款利率计算);2、B公司向A公司支付契税41.25万元。
2、二审判决。二审法院山西高院认为A公司要求扣除贴现利息人民币30.3万元合法;只有在当事人请求调整及违约金过分高时，法院才能调整;已交营业税部分应按《补充协议》约定比例承担。
遂判决：B公司向A公司支付土地补偿金1508.6万元，并从2005年9月23日起按实际迟延付款天数以日万分之四的比例计算违约金;B公司向A公司支付契税41.25万元、营业税58.2万元。
【律师点评】
一、《协议书》、《补充协议》、《转让合同》效力问题。
(一)《协议书》的效力——效力补正合法。
1、《协议书》是双方真实意思表示。
《协议书》不仅详细约定了涉案土地的面积、价格、付款方式、违约责任，还具体约定了双方权利义务及履行程序。双方在《协议书》中约定，由A公司负责办理土地出让手续，该手续办理完毕后，即与B公司一起办理土地使用权转让手续。可见，双方均清楚明白，涉案土地属划拨用地，不存在任何的隐瞒或欺诈行为，《协议书》是双方在平等的基础上，自愿协商达成的协议，是双方真实的意思表示。
协议签订后，B公司的付款行为、A公司的办理出让手续、A公司与B公司签订转让合同、协助办理过户手续等方面可知，双方均是按《协议书》的内容履行各自的义务，进一步表明《协议书》是双方真实的意思表示。
2、《协议书》的性质。1、转让方未取得出让土地使用权证书与受让方订立合同转让土地使用权，起诉前转让方已经取得出让土地使用权证书或者有批准权的人民政府同意转让的,应当认定合同有效。[page]
2、纳税义务人在合同中约定由合同相对人或第三人缴纳税款并不违反相关法律法规的强制性规定。
3、根据《中华人民共和国合同法》第一百一十四条的规定，对于当事人在合同中约定的违约金数额，只有在当事人请求调整、且合同约定的违约金数额确实低于或者过分高于违约行为给当事人造成的损失时，人民法院才能进行调整。
