某县法院判决了一起离婚案，判决书明确把房产判给了男方，男方持法院的判决书来办理转移登记。但登记机构工作人员在查档时发现，该房屋是以该夫妻之女儿(已经20岁)的名义购买的，并已在5年前办理了权属登记。因此，登记机构认为：法院的这一判决把属于该夫妻之女儿所有的房屋认定为夫妻共有财产，这和登记簿的记载并不一致，因此未予受理。但此后法院来函要求登记机构办理，并表示办错了由法院承担责任。
在法院判决的事项和登记簿的记载发生冲突时，登记机构应否办理?
《物权法》第二十八条已规定了“因人民法院、仲裁委员会的法律文书……导致物权设立、变更、转让或者消灭的，自法律文书……生效时发生效力”。依照这一法律规定，判决书明确把房产判给了男方以后，只要判决书已生效，男方不经权属登记就已经取得了该房屋的所有权。此时男方申请登记与否，并不影响其取得房屋的所有权。也就是说，他不经申请登记，也已经在法律上取得了所有权。他向登记机构提出登记申请，只是为了完成物权公示程序，便于今后对该房屋进行处分，如抵押或转让。
以往，对此类申请，如果登记簿所记载的权利人不予配合，登记机构都要求人民法院出具协助执行通知书。但是《物权法》已经实施，新的登记办法也规定此类登记可以由单方申请，因此，登记机构可以予以办理。
《房屋登记办法》强调登记事项和登记簿的记载应当没有冲突，是为了避免因登记错误而产生物权冲突(如同一房产上有重叠的权利)。而本例中人民法院把房产判给了男方之时，原产权人就同时丧失了该房屋的所有权(《物权法》第二十八条所规定的“自法律文书……生效时发生效力”，这也包括了物权的消灭)。因此，登记机构按新的登记办法的规定进行登记并无错误，也不会产生物权冲突。
执行法院之所以敢于表示办错了由法院承担责任，原因可能是法院认为这一判决在实体上并没有问题。因为法院不会毫无根据地把他人的房产判归某人所有。本案中登记簿记载的所有权人在案件判决时只有20岁，而在作出判决之前5年、亦即登记簿记载的所有权人在未成年时就办理了权属登记。法院可能是考虑到购房的出资或是女儿的抚养等问题而把房产判给男方。从另一个角度来看，不能简单地以购房的出资来判定谁是该房屋的所有权人，因为父母出资为子女购房是一种合法的赠与行为，既然已经经过物权登记，就应当以登记为准，不能再作为父母双方的房产。但这些都是法院考虑的问题，作为登记机构，毋需考虑法院判决的合理性和合法性。因为作为房地产权属登记机构，只要是登记事项有法律依据，申请人也提供了登记所必要的文件，就可以为之办理。
