有一些房屋并不符合权属登记的条件，如违法建设，有少数有可能被拆除，也有一些应当按有关规定补办手续，然后方可保留。在该建筑经政府规划行政主管部门处理前，无法进行权属登记。
假定违法建设只要作为被执行财产就可以办理权属登记、变违法为合法的话，一定会有一些恶意的当事人以纠纷为名，通过执行程序来使违法建设合法化并转移产权。对于这一问题，司法机关也有相一致认识。因此，一般来说，不会再将违法建设作为被执行的标的物。在建设部和最高人民法院联合颁发的法发[2004]5号文件中，虽未直接提及这类违法建设，但是在该文件第二条中规定了：人民法院对土地使用权、房屋实施查封或者进行实体处理前，应当向国土资源、房地产管理部门查询该土地、房屋的权属。又在第八、第十五条对虽未进行房屋所有权登记，人民法院也可以进行预查封的房产进行了规定。
有一些房屋并不是违法建设，只是欠交了政府的土地出让金等规费，在当事人(被执行人或申请人)补交规费并补办有关手续后，登记机关应予办理权属登记。
