违章建筑的房屋根据房屋建设的时间来判定赔偿的方法。如果建设的房屋年代久远，在那个时候没有严格的产权制度的规定，多数都是一纸合同或是口头约定的房屋，根据各地的补偿标准，部分城市是可以获得全额补偿的。但违章建筑建设的时间较近的话，赔偿不能全额赔偿，要看各地的执行办法而定。若是在工程开始之初恶意建设房屋以求获得赔偿的房屋是没有赔偿的资格的。违章的建筑虽然没有房产证，但是政府也会考虑建设房屋的人的损失而予以一定的补偿，与正常的赔偿方法是不一样的。
1、未申请或申请未获得批准，未取得建设用地规划许可证和建设工程规划许可证而建成的建筑。例如：在住宅楼间公共场地搭建自己的仓库。
2、擅自改变建设工程规划许可证的规定建成的建筑。例如：一家酒店原本规定建设40层，但是开发商却擅自决定将其建设成45层。
3、擅自改变了使用性质建成的建筑。例如：一家医院申请建设一幢7层高的住院部，但是建成以后却是7层高的员工家属楼。
4、擅自将临时建筑设成为永久性建筑。例如：物业公司说为了修缮房屋给工人搭建了一个房子，但事后却将其改建成一家小超市经营。
《国有土地上房屋征收与补偿条例》第二十四条市、县级人民政府及其有关部门应当依法加强对建设活动的监督管理，对违反城乡规划进行建设的，依法予以处理。
市、县级人民政府作出房屋征收决定前，应当组织有关部门依法对征收范围内未经登记的建筑进行调查、认定和处理。对认定为合法建筑和未超过批准期限的临时建筑的，应当给予补偿；对认定为违法建筑和超过批准期限的临时建筑的，不予补偿。
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