1、转让的内容不同。
2、转让的范围不同。
3、转让前的工程开发程度不同。
《中华人民共和国建筑法》中有关内容的规定
第五十七条 建筑设计单位对设计文件选用的建筑材料、建筑构配件和设备，不得指定生产厂、供应商。
第五十八条 建筑施工企业对工程的施工质量负责。
建筑施工企业必须按照工程设计图纸和施工技术标准施工，不得偷工减料。工程设计的修改由原设计单位负责，建筑施工企业不得擅自修改工程设计。
第五十九条 建筑施工企业必须按照工程设计要求、施工技术标准和合同的约定，对建筑材料、建筑构配件和设备进行检验，不合格的不得使用。
第六十条 建筑物在合理使用寿命内，必须确保地基基础工程和主体结构的质量。
建筑工程竣工时，屋顶、墙面不得留有渗漏、开裂等质量缺陷;对已发现的质量缺陷，建筑施工企业应当修复。
第六十一条 交付竣工验收的建筑工程，必须符合规定的建筑工程质量标准，有完整的工程技术经济资料和经签署的工程保修书，并具备国家规定的其他竣工条件。
建筑工程竣工经验收合格后，方可交付使用;未经验收或者验收不合格的，不得交付使用。
第六十二条 建筑工程实行质量保修制度。
建筑工程的保修范围应当包括地基基础工程、主体结构工程、屋面防水工程和其他土建工程，以及电气管线、上下水管线的安装工程，供热、供冷系统工程等项目;保修的期限应当按照保证建筑物合理寿命年限内正常使用，维护使用者合法权益的原则确定。具体的保修范围和最低保修期限由国务院规定。
综合现行有关法律法规的规定，通过资产转让方式转让在建工程，应履行以下程序：
1、对双方已确定的各项转让内容进行逐一清点、核查，或由专业评估机构对目标资产进行评估后确定转让价格，并在此基础上签订书面转让合同;
2、在相应行政机关办理相关过户登记。因项目公司主要资产转让减少注册资本的，还须通知债权人并在报纸上公告，项目公司在履行完毕相应债权债务关系后办理相应的注销手续;
3、转受让双方应当自土地使用权变更登记手续办理完毕之日起30日内，持房地产开发项目转让合同到房地产开发主管部门备案手续;
4、在建工程相关建设用地规划许可证、建设工程施工许可证等部分或全部建设手续的更名审批程序;
5、已签订的设计、施工、监理、银行抵押贷款、商品房预售等在建工程相关合同、协议的权利义务移转程序等。
通过股权转让方式转让在建工程的，只需签订股权转让协议并按规定办理股权转让的工商变更登记手续(外商投资企业还应办理相应股权变更审批手续)即可完成转让。由于对外的土地使用权主体和项目主体并未发生改变，因此无需进行土地使用权或资产转让所必须的相关权属变更登记程序。
综上，通过资产转让方式转让在建工程，涉及的内容相对更多、程序更为复杂，且政府主管部门审批等不可控的因素更大;相比之下，股权转让程序更为简易、快速。
在建工程转让成本包括各种应缴税金、评估审计费用、各种变更登记费用、中介机构费用等，其中税金为成本的主要部分。转让涉及的税种包括：营业税、城市维护建设税、教育费附加、契税、土地增值税、企业所得税、印花税等。
在资产转让模式中，出让方应当缴纳的税款主要包括：营业税(按营业额的5%计征)、城市维护建设税(按营业税额的7%计征)、教育费附加(按营业税额的3% 计征)、企业所得税(按所得额的25%计征)、土地增值税、印花税(按合同记载金额的万分之五计征)等。受让方应当缴纳的税款主要包括：印花税(按合同记载金额的万分之五计征)、契税(按出让价格的3%～5%计征)，同时还有相关变更登记的手续费用。
实践中，在建工程转让涉及税款金额最大的往往是土地增值税。该税种以转让房地产取得的收入减除法定扣除项目金额后的增值额作为计税依据，并按照四级超率累进税率进行征收。增值额未超过扣除项目金额50%，税额为增值额的30%;增值额超过扣除项目金额50%未超过100%，为增值额的40%-扣除项目金额 ×5%;增值额超过扣除项目金额100%未超过200%，为增值额×50%-扣除项目金额×15%;增值额超过扣除项目金额200%，为增值额×60%-扣除项目金额×35%(5%、15%、35%为速算扣除系数)。
根据《财政部、国家税务总局关于股权转让有关营业税问题的通知》(财税[2002]191号)，自2003年1月1日起，以无形资产、不动产投资入股，参与接受投资方利润分配，共同承担投资风险的行为，不征收营业税;对股权转让不征收营业税，即通过股权转让方式出让方可以免缴营业税，也包括以营业税为计税依据的城市维护建设税和教育费附加。同时，因为股权转让没有涉及房地产过户，与房地产转让税收无关，不但可以避免出让方缴纳土地增值税，还可以使受让方避免缴纳契税。
因此，从单纯从税种上考虑，股权转让模式较之比资产转让，转受让双方需要承担的税额较小。
此外，应当注意到，当有关房地产开放项目进入销售阶段时，之前转让评估的价值增值即成为税收意义上的企业所得，即需要为此缴纳土地增值税和所得税。因此，通过股权转让取得项目公司股权的受让方，最终将为该土地使用权及房屋增值承担相应的纳税义务，这应当在设计交易模式时予以考虑。
因此根据上述的内容我们可以得知，在我国在建工程转让与工程项目转让区别以及在建工程转让的程序是怎样的。还在一定程度上介绍了我国在建工程转让的成本有哪些等相关的知识是怎样运行的。这些都是大家需要了解的知识，若还其他问题需要咨询，欢迎咨询找法网。
