尽管著作权合同登记从立法到实施都存在着诸多问题，登记的作用也有一定的局限性，但我们不能忽略它所取得的实际效果。通过总结合同登记的
经验，结合著作权登记的一般理论和国外实践，分析合同登记在我国著作权保护中的实质作用，有利于我国著作权登记整体制度的构建。
通常的著作权登记，既包括记载著作权原始状况登记，也包括著作权权利变动登记。从前面所介绍的合同登记的内容来看，虽然涉及得不全面，合同登记实际上是一种权利变动的登记，但权利变动登记与著作权原始状况登记一样，可以起到帮助著作权人和相关权利人有效行使权利、提供安全保障的作用。
什么是权利变动
权利变动通常主要指著作权人在法律允许的情况下发生了变化。《著作权法》规定了多种权利变动的情况，如著作权转让、继承、承受、质押。此外，集体管理和专有许可虽然不是真正意义上的权利变动，但是行使权利的方式发生了变化，事实上增加了新的权利人或权利人代表。尤其是在著作权专有许可过程中，尽管著作权归属没有变化，但取得专有使用权的一方在使用作品中所承担的风险有时比著作权人还要大，而专有许可始终是作品传播的重要方式，因此应当为专有权的顺利行使提供保障。为叙述方便，暂且也将它们纳入广义的权利变动范围。由于《著作权法》已经明确按照相关法律进行著作权的继承、承受和集体管理，著作权质押登记作为一种特殊登记也另行做了介绍，这里只涉及著作权转让登记和专有权登记。
为什么要进行著作权转让登记和专有权登记，并且应当规定登记具有对抗第三方的效力
《著作权法》允许著作权中的财产权进行转让。通过著作权转让，原著作权人丧失了著作权，受让人则获得了著作权。通过专有许可，著作权人将某种使用方式专有使用权授权给被许可人，被许可人获得专有使用权，成为专有权人。那么，受让人和专有权人如何让外界了解这一变化?尤其是在需要证明其权利人身份时，他们会遇到与原始著作权人一样的困难，因为他们仍然无法通过有效权利凭证(包括合同)证明其权利的存在。在此情况下，法律应当提供登记作为保障措施。由登记机构对受让人和专有权人获得权利的内容和期限等事项进行记载，这些记载成为初步证据，使登记具有对抗第三方的效力。
转让和专有权登记对于避免重复转让和重复授权、维护使用作品的正常秩序尤为重要。实践中，因著作权人行使权利不当，重复转让著作权或重复专有授权的现象经常发生，并造成严重后果。在许多案例中，经常出现因重复转让和授权造成的多人声称获得转让或取得授权并再转让或授权的混乱现象。对因此而引发的多起诉讼，有时法院也显得无能为力。因为在诉讼中，各案案由和当事人不同，法官之间无法沟通，各审各案，又缺乏认定转让和专有许可的有效依据，而合同是否有效又与转让和专有许可是否有效没有必然联系，难免会出现各判决中，不同的权利人对同一作品同时拥有权利的离奇现象。这种结果还直接导致在市场上同一作品由不同的权利人授权其作品以相同的方式在市场上传播流通，严重地影响了使用作品和产品流通的正常秩序。
通过登记则可以有效地避免上述现象的发生。所谓登记具有对抗第三方的效力，是指重复转让和专有授权纠纷中，以是否登记作为认定哪一个有效的依据。规定这一效力，可以使善意受让人和专有权人避免或降低风险。因为在重复转让和授权中，过错在于转让方或授权方，受让方或被许可方通常是无辜的。选择登记，可以使受让方或被许可方获得的权利得到保障，也清楚不登记可能存在的风险。在发生纠纷时，法院以是否登记作为判断转让或授权是否有效的依据。
应当说明，登记不是转让和专有授权的生效条件。转让和专有授权首先是合同行为，如果不重复转让和专有授权，转让和授权依照合同确定生效，无需进行登记。当然，受让人和专有权人为防止对方再次转让或授权，可以选择登记。
通过上述分析可以看出，合同登记不应当是单纯的行政管理措施，而是著作权立法的需要，是著作权保护制度的需要。合同登记也不能只局限于对外保护和个别领域，更不能仅依靠部门之间的合作才得以实施，而是任何人必须遵守的法律规定。其实，目前《著作权法实施条例》规定的转让和专有许可合同备案在一定程度上可以起到上述作用，但应当在实施中加以明确。有关合同备案的法律效力，可建议法院给予必要解释，使其至少可以具有行政保护的效力。
制定“著作权合同登记和备案办法”的建议
实事求是地说，我国合同登记的现状与理想状况还相差甚远。特别是某些法律依据，尽管存在问题，但在短时间内不可能改变。因此完善合同工作也应当遵循实事求是的原则，要循序渐进，不求全责备，不急于求成。在目前条件允许的情况下，通过制定“著作权合同登记和备案办法”，尽可能消除或减少各登记之间的交叉和矛盾，理顺关系，改变登记工作不合法或不合理的现象，使合同登记达到比较理想的状态。笔者据此提出如下建议：
(一)在清理合同登记依据时，只保留法规以上的依据，规章一级的依据予以废止。
(二)根据合同登记依据保留的情况，重新确定登记种类，尽可能避免交叉。对于未实施的登记种类，明确实施规定。
(三)贯彻落实《著作权法实施条例》有关著作权转让合同和专有许可合同备案的规定，明确合同备案的机构、范围和效力等重要事项。
(四)对登记性质和登记机构混乱不清的合同登记，重新明确登记性质，确立登记机构。对需要委托办理的登记，应规定明确委托关系、委托事项和受托机构等内容。彻底消除登记机构名不副实的现象。
(五)在规定中注意规范各种登记的必要文件和程序，如登记指南、填表说明、申请者需要提交的材料、登记的受理、审查、发证、期限、样本的交存和保管、变更、查询、公告和撤销等，为申请人提供便利，也便于登记机构操作。统一规范登记中使用的各种表格、证书(或批复)的标准格式或规格等。
