一、计算机软件著作权归属的举证责任分配
《计算机软件保护条例》第九条规定：如无相反证明，在软件上署名的自然人、法人或者其他组织为开发者。
《最高人民法院关于审理著作权民事纠纷案件适用法律若干问题的解释》第七条规定：当事人提供的涉及著作权的底稿、原件、合法出版物、著作权登记证书、认证机构出具的证明、取得权利的合同等，可以作为证据。在作品或者制品上署名的自然人、法人或者其他组织视为著作权、与著作权有关权益的权利人，但有相反证明的除外。
在计算机软件侵权案件中，举证的原则是谁主张、谁举证，但是主张权利的人的举证程度是提交初步证据予以证明即可。例如主张权利人提交了计算机软件登记证书，或者提交了计算机软件开发项目书即能够证明其所享有的权利，在上述举证的前提下，主张权利人再无须提交有关计算机软件的其他证据。此时主张权利人的举证责任完成，否定性的举证责任自然分配至涉嫌侵权者。
二、计算机软件相同或近似时的举证责任
主张权利人在举证证明其对计算机软件作品享有著作权后，下一个举证责任是就须对其主张的“侵权事实”进行举证。侵权事实的成功认定依赖于以下两个方面的举证。第一、侵权者使用了与其主张的计算机软件相同或者近似的表达形式；第二、侵权者接触了计算机软件权利人的作品。
首先，如何证明侵权者使用了与其主张的计算机软件相同或者近似的表达形式。计算机软件侵权中，一般是指计算机程序的相同或者近似，计算机程序可以区分为目标程序和源程序。而计算机软件侵权中，比对的对象也应当是以侵权者使用的计算机软件的源程序与主张权利人的计算机软件的源程序是否相同或者近似。但是很多计算机软件侵权案件中，主张权利人无法获得侵权者计算机软件的源程序，当然有的侵权者的计算机软件的目标程序可以通过反编译程序汇编出源程序。此种情况下，只要主张权利人提供了侵权者的计算机程序中的目标程序与其主张权利的计算机软件中的目标程序相同或者实质近似，则可以推定两者的计算机程序相同或者近似。
其次，如何认定侵权者接触了主张计算机软件权利人的作品。一般认为，对于“接触”的证据不应当只限制于直接的接触。例如，不应当只限于提供侵权者购买过、使用过等可以直接证明直接接触的证据。而应当也包括主张权利人举证证明侵权者有“合理的可能”接触过主张权利人计算机软件作品的这种情况。
提醒公众，如果主张权利人已经完成证明责任，被告否认的，则举证责任转由涉嫌侵权方负担。此外，主张权利人举证证明“接触”时，既包括直接的接触，也应当包括间接接触。如果涉嫌侵权方予以否认，则应当承担否认的举证责任，否则应当承担不利的后果。
