【案情】
1998年7月16日，中国科学院山西煤炭化学研究所(以下简称山西煤化所)与陕西华美新时代工程设备有限公司(以下简称华美公司)签订“合作推广灰熔聚流化床粉煤气化技术协议书”，协议主要约定：双方组建秦晋公司“合作推广经营灰熔聚流化床粉煤气化技术工业成套设备，承包该技术的工程项目”;华美公司以货币资金投资75.6万元，占股份70%;山西煤化所以灰熔聚流化床粉煤气化技术使用权入股，折价32.4万元，占股份30%，自协议签订之日起投资到位。秦晋公司的经营宗旨是推广以“灰熔聚流化床气化过程及装置”技术为基础制造的设备，向选用此设备的单位提供相关的技术服务。
在这份合作协议签订后，山西煤化所及陕西华美公司又经过进一步磋商，组建公司进入实质阶段。1999年4月，山西煤化所与华美公司及其他三个自然人共同签署了秦晋公司章程，公司注册108万元人民币，各方的投资方式确定为：山西煤化所以“灰熔聚流化床气化过程及装置”技术出资，其他各方以现金投资。
依照章程及《公司法》等规定，陕西华兴会计师事务所于1999年4月23日对“灰熔聚流化床气化过程及装置”专利技术进行了价值评估。这份评估报告结论为：“委托方委托评估的该项专利技术，在评估基准日所表现的公允价值为人民币332，422.00元”。对此评估结果，山西煤化所从未提出任何异议。
1999年4月25日，秦晋公司召开股东会议，除中科院煤化所及华美公司外，还包括三名自然人股东参加。全体股东一致通过决议：华兴事务所评估的《灰熔聚流化床气化过程及装置》专利技术占秦晋公司注册资金108万元的30%股份(即 32.4万元)。1999年7月，秦晋公司在陕西省工商局登记注册后正式成立。但山西煤化所却没有按照《公司法》规定，将其已在公司投资的专利技术“灰熔聚流化床气化过程及装置”过户到已登记成立的秦晋公司。在接下来的几年中，公司虽多次督促，但也一直未能过户。
位于西安的秦晋公司在成立后，在陕西省政府及有关部门支持下，又聘请多位化工专家和实验人员，历时数年，终于在原专利技术的基础上，又引申开发成功了“灰熔聚流化床粉煤气化制合成气工业化成套装置”，使这项专利技术达到了可完全工业化生产、并向市场转化的水平。
2002年4月，这项已完全实现可工业化生产的技术成果，通过了公司所辖地的陕西省科技厅组织的专家鉴定，并获得了科技成果鉴定证书。
由于这项技术成果是在秦晋公司总体组织下，在陕西城化公司实施完成的，因此在陕西省科技厅所发的鉴定证书上，所出现的完成单位自然为煤化所拥有股份的秦晋公司以及实施单位城化公司。2003年6月，秦晋公司按照公司经营宗旨，与天津碱厂签订了工业化专有技术实施许可合同一份，约定由秦晋公司为天津碱厂提供年产8万吨合成氨的技术服务和核心设备，该工业化技术成果许可天津碱厂使用。
山西煤化所得知该消息后，立即以侵害其专利权为由，将秦晋公司和天津碱厂列为被告，起诉到天津第二中级人民法院(以下简称天津二中院)，要求确认秦晋公司与天津碱厂所签订的工业化专有技术实施许可合同无效，并要求两被告停止侵权，以维护专利权人的合法权益。
秦晋公司在应诉时，向天津二中院申明山西煤化所已将专利技术投资到秦晋公司的事实，并提出中止该院已受理的专利侵权的诉讼请求。同时，又以山西煤化所未履行约定义务及公司章程为由，将山西煤化所起诉至西安市中级人民法院(以下简称西安市中院)，要求确认其所投资的技术为专利技术，确认秦晋公司对外销售包含该技术的设备、提供技术服务的合法性，并要求山西煤化所履行公司章程，将其已投资的专利技术过户到秦晋公司名下。
天津二中院在审理秦晋公司专利侵权案中，没有采信秦晋公司反复申诉的山西煤化所已经将其专利技术投资到公司的事实，以山西煤化所入股秦晋公司的不是专利权，而仅仅是专利技术使用权为由，于2004年3月18日判决秦晋公司等侵犯了山西煤化所的专利权，同时也确认秦晋公司对天津碱厂许可使用技术的合同无效。
在天津二中院做出判决后不久，西安市中院于4月30日就秦晋公司状告山西煤化所专利权投资一案做出审理后，确认山西煤化所向秦晋公司投资入股的“灰熔聚流化床气化过程及装置”专利技术系专利所有权，应该将专利过户到秦晋公司的一审判决。
天津二中院、西安市中院的判决送达后，秦晋公司、天津碱厂对此判决向天津高院、山西煤化所向陕西省高院分别提起了上诉。
