专利审查指南修改后，针对保密专利申请及其审查做出了修改，主要内容包括以下几个方面：
一、针对条例的适应性修改
《审查指南(征求意见稿)》第五部分第五章进行了适应性修改，对申请人已得知其申请的内容需要保密时应当履行的行为、专利局如何进行保密审查均进行了具体规定。例如，申请人在提出保密请求之前已确定其申请的内容涉及国家安全或者重大利益需要保密的，应当提交有关部门确定密级的相关文件。发明或者实用新型内容涉及国防安全以外的国家安全或者重大利益的，由专利局进行保密确定，必要时可以邀请相关领域的技术专家协助确定。
二、涉密的专利申请只能以纸质文件传送
根据《计算机信息系统国际联网保密管理规定》，可能涉密的信息不能在互联网上传输，应当以纸件形式递交。
因此，在《审查指南(征求意见稿)》中，写入了只能以纸件形式提交有保密请求的专利申请的内容，并且规定，以电子文件形式提交的专利申请，如果专利局经审查认为该申请涉及国家安全或者重大利益需要保密，应当将该专利申请转为纸件形式并通知申请人。申请人此后应当以纸件形式向专利局或国防专利局递交各种文件，不得通过电子专利申请系统提交文件。
三、优化审查程序、规范审查操作行为
对原有的基于纸件文档管理的内容进行了删除。例如“建立保密案卷位置状态卡，在计算机系统中作出处理”等内容。
对原表述不准确的内容进行了修改。例如原《审查指南》中规定“已有实质审查请求并缴纳实质审查费的，直接进入实质审查程序”的表述不准确，因此修改为“实质审查请求符合规定的，直接进入实质审查程序”。
对原规定不明确的内容予以明确。例如，对解密后的处理。明确规定为发明专利申请解密后，尚未被授予专利权并符合公布条件的，应当予以公布，出版发明专利申请单行本，并按照一般专利申请进行审查和管理;实用新型专利申请解密后，尚未被授予专利权的，按照一般实用新型专利申请进行审查和管理。
