对于专利申请文件修改规则而言，最基本的修改限制是修改文件不得超出原说明书和权利要求所记载的内容，同时还应当考虑如下因素：
第一、专利局与专利申请人之间的地位不平衡。专利申请的审查是审查员与申请人之间确定合适的授予专利权的保护范围的过程。审查员代表专利局进行审查行为，属于行政行为，专利局是行政主体，申请人是行政相对人，申请人明显处于劣势。因此在专利审查的过程中应当为申请人提供一些优越的条件，来保证申请人权利的实现。在专利审查过程中给予申请人修改文件和陈述意见的机会就是平衡专利局和申请人之间地位差别的重要措施之一。
第二、规定的修改时机与专利申请人希望做出修改的时机应当一致。在既没有审查的意见，也没有检索的结果的时候，给予申请人主动修改的机会的意义不是很大。
第三、专利申请文件的修改应当经受审查。特别是，在申请文件提交后到公布之前的修改应当接受审查，以保证公开的专利申请不超出原始申请公开的范围，从而公众所能看到的专利申请公开文本不超出原始申请公开的范围，保护公众的利益。
第四、节约程序。即主动修改的机会应当受到适当的限制，以避免过多次数发出审查意见和修改、答复，拖延审查周期。
现行《专利法实施细则》和《审查指南》中的专利文件修改规则所提供给申请人的修改机会不够，不利于保护发明创造。综合考虑以上因素，这里按照专利申请文件的各个阶段分别提出一些关于专利申请文件修改规则的建议。
第一，答复第一次审查意见通知书
在答复第一次审查意见通知书时，应当准许申请人主动修改文件。第一次审查意见通知书是申请人自提交专利申请文件后收到的第一个对申请内容进行评价的官方意见。第一次审查意见通知书中一般包括审查员引用的对比文件以及审查员的反对理由。此时，专利申请人根据审查员引用的对比文件，并结合审查员的意见，重新分析所申请发明的新颖性和创造性，从而能够界定出发明的最适当的保护范围。
第二，公布之后
当一项发明专利申请提交以后，该发明所涉及的技术内容已经固定下来，在任何阶段都不能对申请中的实质性的技术内容做出修改。也就是说专利申请中不得加入新的内容。如果专利申请人可以任意地在所提交的专利申请中加入新的内容，那么
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