(1) 对发明专利申请进行实质审查后，审查员认为该申请不符合专利法及其实施细则的有关规定的，应当通知申请人，要求其在指定的期限内陈述意见或者对其申请进行修改；审查员发出通知书(审查意见通知书、分案通知书或提交资料通知书等) 和申请人的答复可能反复多次，直到申请被授予专利权、被驳回、被撤回或者被视为撤回。
(2) 对经实质审查没有发现驳回理由，或者经申请人陈述意见或修改后消除了原有缺陷的专利申请，审查员应当发出授予发明专利权的通知书。
(3) 专利申请经申请人陈述意见或者修改后，仍然存在通知书中指出过的属于专利法实施细则第五十三条所列情形的缺陷的，审查员应当予以驳回。
(4) 申请人无正当理由对审查意见通知书、分案通知书或者提交资料通知书等逾期不答复的，审查员应当发出申请被视为撤回通知书。
专利局在收到申请人提交的实质审查请求书以及已有技术参考资料、实质审查费之后即对该专利申请进行实质审查，通常要检索与发明主题有关的现有技术并对下列问题进行审查：
1、申请专利的发明是否属于专利法所称的发明；
2、申请专利的发明是否违反国家法律、社会道德、公共利益；
3、申请专利的发明是否属于不授予专利权的领域；
4、申请专利的发明是否具备新颖性、创造性、实用性；
5、是否符合同样的发明创造只能被授予一项专利的规定；
6、依照专利法第九条的规定，是否属于最先申请人；
7、说明书是否清楚完整地叙述了发明内容，说明书的撰写是否符合规定；
8、权利要求书是否以说明书为依据，写明了要求保护的范围以及权利要求书的写法是否符合规定；
9、专利申请是否符合单一性的要求；
10、申请人对其申请文件的修改或者分案，是否明显超出了原说明书和权利要求书记载的范围。
经过实质审查，专利局认为不符合上述专利法规定的，即会以书面形式通知申请人，要求其在指定的期限内进行修改或陈述意见，申请人无正当理由期满未答复的，其申请被视为撤回。申请人补正或陈述意见后，专利局仍然认为不符合上述规定的，就会予以驳回并通知申请人，申请人不服驳回的，可以向专利复审委员会请求复审。
一般而言，发明申请审查费2500元。专利局可以就某些费用(申请费、发明申请审查费、发明申请维持费、复审费和授权后三年的年费五项)对确有困难的申请人实行减缓。申请人为单位的，可减缓上述费用的70%(复审费减缓60%)，申请人为个人的，可减缓上述费用的85%(复审费减缓80%)。
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