(一)“侵权获利”的界限在哪里?
《最高人民法院关于审理侵犯专利权纠纷案件应用法律若干问题的解释》法释[2009]21号文件(下称“《解释》”)第十六条第一款对此的界定是“应当限于侵权人因侵犯专利权行为所获得的利益;因其他权利所产生的利益，应当合理扣除。”这一限定非常具有现实意义，因为现实中的侵权产品可能存在多个涉案专利，又或者该产品上同时存在其他类别的知识产权，如商标权。若仅简单粗暴地根据该产品的全部利润确定侵权获利，将扩大赔偿范围，有违客观公正。因此，在司法裁判当中，法院会根据具体案情，综合全案合理区分“侵权获利”与“其他权利”(主要指知识产权)。
(二)涉案专利对被诉产品的作用大小对产品利润计算有何影响?
首先要肯定一点，作用大小对产品利润的计算是有影响的。《解释》第十六条第二款、第三款明确规定“侵犯发明、实用新型专利权的产品系另一产品的零部件的，人民法院应当根据该零部件本身的价值及其在实现成品利润中的作用等因素合理确定赔偿数额。侵犯外观设计专利权的产品为包装物的，人民法院应当按照包装物本身的价值及其在实现被包装产品利润中的作用等因素合理确定赔偿数额。”这就意味着，若零部件对于实现产品技术、功能起着关键作用，且该零部件的价值决定了产品定价，那么很有可能法院将按照成品利润计算赔偿数额。但是若原告的专利在被诉产品中仅占很小的一部分，或者作用较小，则法院将不太可能这么做。
(三)侵权获利按侵权人的“营业利润”还是“销售利润”计算?
在侵权获利的计算公式中，“每件侵权产品的合理利润”是一个重要的计算参数。到底什么是“合理利润”?我们知道在财务上对利润有着不同的细分，并且所选用的参数也不同。根据《若干规定》第二十条第三款的规定，侵权获利一般按照“营业利润”计算，但是对于完全以侵权为业的侵权人，可以按照“销售利润”计算。这种区别对待也不无道理。因为，通常财务费用、管理费用确实为被告的实际支出，不能计入侵权获利。更进一步看，侵权产品可能只占被告所有产品中的一部分，而其财务账册中反映的只是企业支出的总费用，所以，还需要根据实际情况从中划分出应当合理分摊到侵权产品上的费用。但是对于完全以侵权为业的被告，就应另当别论了。姑且不考虑该被告财务账册通常很不规范，若按照“营业利润”计算将可能是一笔“糊涂账”，单从司法实践对故意侵权的惩治目的出发，按照“销售利润”计算更能体现一定的惩治力度。
(四)“可供参照的专利许可使用费”的依据何在?
在专利侵权纠纷案中，虽然原被告之间没有专利许可合同，但是原告在诉前可能存在许可他人使用涉案专利的情况，同时，在相同行业或技术领域中也可能存在相关专利许可使用费的情况，这两种专利许可使用费情况都是可供法院参照的。
(五)“倍数”是怎么回事?
根据《专利法》规定，当实际损失和侵权获利都难以确定时，则参照该专利许可使用费的倍数合理确定。这个“倍数”是多少呢?《若干规定》对此予以明确为1至3倍，且倍数必须合理确定。
(六)什么时候将启动在法定赔偿范围内确定赔偿数额的方式?
《若干规定》第二十一条对在何种情况下可以采用法定范围进行了说明，即“实际损失、侵权获利、没有专利许可使用费可供参照或者专利许可使用费明显不合理”。但是现行《专利法》中并没有提及“专利许可使用费明显不合理”的问题。根据《最高人民法院关于学习贯彻修改后的专利法的通知》法发[2009]49号文件，《若干规定》与2008年全国人大常委修改后的《专利法》相抵触的内容将不再适用。那么“专利许可使用费明显不合理”是不是一项抵触的规定呢?
其实，这是新旧法衔接所带来的问题。我国《专利法》自1984年颁布以来，迄今为止共经历过三次修改。就第三次修改的《专利法》与修改前的《专利法》而言，对于持续跨越2009年10月1日的被诉侵权行为，根据《解释》第十九条之规定，依据修改前、后《专利法》的规定，侵权人均应承担赔偿责任的，一并适用修改后的《专利法》确定赔偿数额。
例如，司法实践中，若被告的侵权行为发生于2009年10月1日之前，原告无法提出证据证明侵权人的行为持续到了2009年10月1日之后，则在侵权赔偿数额问题上，法院将主要依据并适用2000年《专利法》第六十条与《若干规定》第二十二条确定赔偿数额。其结果很可能就是，当实际损失、侵权获利难以确定时，在寻求可供参照的专利许可费的过程中，若法院认定该许可费不合理，则最终获得的赔偿数额就是在5000元以上30万元以下，最多不超过50万元。但是，即使适用的是现行《专利法》，根据近年来有关司法案例的判决来看，若存在启动法定赔偿范围来确定赔偿数额的情形，法官在援引第六十五条时，同时也会援引《若干规定》第二十二条中的“专利许可使用费明显不合理”。
这样看来，“专利许可使用费明显不合理”就不能被认为是一个抵触的规定，而是扩大了的司法解释。
(七)什么是“合理开支”?
关于“合理开支”的规定，主要是为了贯彻对知识产权侵权损害的全面赔偿原则。由于“合理开支”的概念仍然过于模糊，《若干规定》第二十二条给出了一个列举式的界定，即“人民法院根据权利人的请求以及具体案情，可以将权利人因调查、制止侵权所支付的合理费用计算在赔偿数额范围之内。”
对于该司法解释，有两个注意点。其一，计算“合理开支”的前提是权利人提出请求，并且必须得到法院的认可方能计入最终赔偿数额。这就与现行《专利法》中赔偿数额还“应当”包括“合理开支”的规定存在不一致的问题了。这个问题的由来，还得从新旧法的沿革说起，修订前的《专利法》第六十条并没有赔偿数额中应当包括“合理开支”的规定，此后出台的《若干规定》第二十二条提到“合理费用”是为对上述规定的补充说明，直到2008年修改的《专利法》第六十五条明确将司法解释中的提法正式以“合理开支”的表述纳入上位法的规定中。因此，《若干规定》中法院根据权利人请求方能将“合理开支”计入最终赔偿数额的规定将不再适用。其二，第二十二条规定并没有将诉讼律师费一律归入“合理费用”的范围之内。司法实践中，法院通常会根据案件的具体情况决定是否责令被告赔偿原告所支付的适当合理的诉讼律师费。
