20世纪90年代末，美国法院的裁决令许多公司纷纷为商业方法寻求专利保护并把这一主题置于战略日程的首要地位。然而，美国专利商标局（USPTO）、日本专利局（JPO）和欧洲专利局（EPO）在这个有争议的问题上却持分歧态度。
对于那些依赖革新取得成功的公司来说，世界最主要专利局的一致态度是非常重要的。一般而言，能在美国获得保护的发明也同样可以在欧洲和日本获得保护，但是商业方法领域的情况却并非如此。
计算机软件业的发展给USPTO、JPO和EPO提出了许多问题。随着这一领域专利申请的持续上升，三局形成了各自的评判标准。事实表明在美国申请商业方法专利并不过分复杂，在欧洲寻求保护要艰难得多，而日本的态度则介于二者之间。尽管近些年来三局采取了许多措施，争取在如何对待这一问题上达成更加协调一致的态度，申请人仍然不能明确什么可以受到保护，什么不可以受到保护。
尽管软件专利和商业方法专利经常被归在一起，它们之间其实存在着很大的差异，其中最主要的一点是它们与不同的主题有关，软件并不一定需要和商业方法相关，而商业方法也并不一定需要涉及计算机。然而，二者确实经常有重迭在一起的时候。网络发明是一个经典的例子，它们通常定义商业方法而且依赖软件将其诠释。
著名的“一次点击”专利
著名的商业方法专利有力地说明了这一点。1999年9月，Amazon.com 通过网络定购货物的系统和方法被授予美国专利（US 5，960，411，简称411专利）。这通常被人们称为“一次点击”专利（one-click），该发明涉及的是一套电子商务系统，它提供的方法和系统可以减少购货人与客户机系统间的行为及客户机系统与服务器系统间的数据传送，从而使电子交易更加方便安全。
1999年10月21日，Amazon.com向美国法院递交诉状，以Barnesandnoble.com公司的“The Express Lane ”网上购物原理与其411专利技术（即“一次点击”购物技术）相同为由，起诉该公司侵权。法院经过调查和听证，于1999年12月1日作出以下结论：法院确认Amazon.com公司的“一次点击”设计确实是一项具有实用性的发明，应该把专利这种专有的权利赋予Amazon.com公司。由于本案还没有审理结束，因此法院先颁发了一个初步禁令，禁止被告公司，以及与被告公司有一定关系和参与了一致侵权行为的公司和个人不得继续对411专利实施侵权活动。虽然这项初步禁令于2001年2月被废掉了，但这并不是因为法院认为商业方法不可以被授予专利，而是考虑到Amazon 专利的生效所带来的一系列相关问题，籍此认为授予初步禁令是不合适的。事实上，在过去数年间，美国法院屡屡认为颁发商业方法专利不存在任何难度，而且在它们的有效性受到挑战的时候总是能维护其权益。
重要判例
就美国而言，在关于网络商业方法是否给予专利保护的争论中，司法界扮演了举足轻重的角色。其中影响最大的是联邦巡回上诉法院审理过的两个案件：1998年7月裁决的State Street Bank
