《植物新品种保护条例》第十四条至第十八条规定了授予品种权的五个条件。其中的新颖性和适当的名称由农业部或者国家林业局的植物新品种保护办公室实施行政审查；当事人对新品种的新颖性或名称有异议，应向植物新品种复审委员会请求宣告无效或更名；因此产生的纠纷，应当以农业部或者国家林业局的植物新品种复审委员会为被告，提起行政诉讼。
司法实践中，侵犯植物新品种权的纠纷案件主要有三种表现形式，第一种是未经品种人许可，为商业目的生产或者销售授权品种的繁殖材料的，或者将授权品种的繁殖材料重复使用于生产另一品种的繁殖材料的行为，这是公开的、实质的侵犯植物新品种权的知识产权的行为。第二种是销售授权品种不使用其注册登记的名称而标注其特征特性的，或者其他足以使他人知道是授权品种的行为（例如，使用授权品种普通小麦“金铎1号”的曾用名“032”销售 “金铎1号”小麦种子，把授权品种“登海9号”命名为“3119”对外销售等），这是隐蔽的、实质的侵犯植物新品种权的知识产权的行为。第三种是《植物新品种保护条例实施细则》农业部分第七十四条和林业部分第六十四条所指的假冒授权品种的侵权行为。依据《种子法》第五十九条之规定，对生产、经营假、劣种子的行为，应由县级以上人民政府农、林行政主管部门依据各自的职权处罚，不属《最高人民法院关于审理植物新品种纠纷案件若干问题的解释》第一条第九项规定的人民法院直接受理案件的范围。
