(一)农业植物新品种申请保护的品种构成不合理 农业植物新品种保护的申请及授权数量少，品种构成也不合理。从申请数量上看，尽管每年申请的数量都在不断增加，但与发达国家相比仍有较大的差距。从构成上来看，品种分布很不均匀，申请植物新品种权的农作物主要是玉米、水稻、小麦等大田作物，占到了申请总量的90%以上，其他农产品申请数量较少，甚至是空白。以辽宁省为例，近几年来辽宁省每年取得的育种科技成果高达500多项，而其中申请植物新品种保护的还不足15%，已申请品种保护的也主要以玉米、水稻为主，大豆、蔬菜、果树品种很少。
(二)植物新品种产权意识薄弱
我国是实行知识产权制度较晚的国家，植物新品种保护制度作为一项新的知识产权制度在我国也才刚刚实施四年多的时间，这使得广大科研单位和科研人员对植物新品种保护的重要作用没有充分的认识，知识产权意识薄弱，对植物新品种保护的战略意义缺乏足够的了解和认识，品种权申请数量少。全国有400多个育种研究所，7500多个农作物种子企业，而四年多来向国内申请的品种权仅有千件左右，平均8个单位一件，向外国申请的更是寥寥无几。据初步统计，植物新品种保护制度实施四年多来，经省级以上品种审定委员会审定通过的主要农作物新品种约5000个，而提出农业植物新品种权申请的新品种数量不足1000件。
(三)维权困难，地方保护主义严重
农作物种植和种子生产经营活动的季节性很强，对侵权案件的取证本身就十分困难，一些地方政府为保护本地利益，直接或间接插手种子行业，违规设置障碍排斥外来企业和优良品种，甚至袒护本地违规侵权单位，阻挠执法部门查处。
同时，维权诉讼程序复杂，品种侵权案件要有指定的的省级以上法院审理，路途远，成本高，育种专家没有时间和精力。而且植物新品种的保护规定中没有规定有关品种保护的法定赔偿金额，使司法部门在执法时遇到较大的困难，尤其是碰到既难确定侵权人的非法获利又难确认被侵权人的实际损失的情况下，不同地区的法院在处理基本相同的植物新品种保护的侵权纠纷时，判决的赔偿额可能有着惊人的差异。
(四)审查速度较慢，不适应植物新品种保护发展的需要
目前，新品种保护组织管理体制还没有完全理顺，品种权初审、实审、复审、无效等程序尚未有效建立和顺利运转，再加上由于资金短缺而造成的品种权审查测试技术支撑体系建设滞后，人员数量和质量不能满足发展的需要，便利审查速度难以加快，不利于品种权申请人合法权益及时得到有效的保护，反过来影响育种者和育种单位对植物新品种保护申请的积极性。 (五)植物新品种保护的覆盖面应当进一步扩大
通过自主创新取得与掌握品种权是保护国家种质资源的重要的方式。我国是八大作物起源中心之一，生物遗传资源非常丰富，随着我国农业经济对外开放及农产品国际贸易的日益扩大，外国企业到我国申请品种权将后迅速增加，特别是一些种业跨国公司，依靠其先进技术优势，不但将其某个具有现实及潜在经济价值的植物新品种在该国申请品种权，还将某些发展中国家的优良品种在这些国家申请并取得属于他们自己的品种权。因此，必须扩大植物新品种保护的覆盖面，使我国的植种质资源通过品种保护“留住”，而不是“流失”。
(六)对品种权作为国际农产品贸易壁垒的作用及其发展动向研究不足
植物新品种保护制度还影响了国际农产品贸易的格局，许多国家尤其是发达国家出于保障国家经济战略安全以及保护农产品竞争优势的考虑，纷纷采用植物品种保护制度保障自身的优质品种垄断，并在全球范围内申请保护，以此来控制国外农产品的进口，使得品种权成为新的国际农产品贸易壁垒。可以说，在日趋激烈的国际农产品贸易战的背后是“种子战”和“品种战”。在新的贸易关系下，面对中国巨大的市场，国外在中国的植物品种权申请必将日益增多，因此，我国应当重视品种权作为国际农产品贸易壁垒的重要作用，积极采取措施，最大限度的保护我国品种权人、企业与农民的利益。
