侵犯商业秘密罪的刑事案件由犯罪地的公安机关管辖。如果由犯罪嫌疑人居住地的公安机关管辖更为适宜的，可以由犯罪嫌疑人居住地的公安机关管辖。对于其中的“犯罪地”，理论上包括犯罪行为发生地、犯罪行为预备地、犯罪行为实施地、犯罪结果发生地、销赃地等与犯罪活动有关的一切场所，但在实践中应注意对于犯罪地不应作过分的外延解释。
对于侵犯商业秘密案件，除严重危害社会秩序和国家利益的以外，均为刑事自诉案件。但目前没有任何关于侵犯商业秘密构成“严重危害社会秩序和国家利益的”情形的具体解释。
在审理商业秘密诉讼民事案件过程中，即使发现被告的同一侵权行为可能达到犯罪的程度，在原告自己没有提出刑事自诉的情况下，是否应当将案件乍为刑事案件移送公安机关处理也没有明确法律依据。
1、侵犯商业秘密刑事诉讼的立案管辖是由犯罪地的人民法院管辖，而在民事案件的实践中权利人通过将侵权产品的发现地作为犯罪结果发生地而选管辖法院，其结果多是方便了原告，却给被告带来异地诉讼的不便。
2、对于侵犯商业秘密犯罪案件移送管辖，对侵犯商业秘密案件而言，管辖权的不仅是人民法院，还包括行政执法机关。行政执法机关与司法机关间的案件移送，包括行政执法机关刑事案件涉嫌犯罪移送和民事侵权案件涉嫌犯罪移送两个问题。
行政机关处理案件依法移送，是当前侵犯商业秘密案件刑事诉讼案件受理很少的一个最直接的原因，亦是造成目前我国刑事立法规范和执法效果不成比例的一个主要原因。
侵犯商业秘密罪是刑法上规定的一项罪名，是为了保障商业秘密的需要，但对于商业秘密的管辖，刑法和民法上存在差异，采用哪个管辖标准就需要看该案件属于何种性质的案件，还要区分是自诉案件还是公诉案件。
一是概念不同。前罪是指违反国家商业秘密保护法规，侵犯他人商业秘密，给商业秘密权利人造成重大损失的行为，而后罪是指以非法占有为目的秘密窃取数额较大或多次盗窃的行为。
二是侵犯的客体和对象不同。前罪侵犯的客体是他人对商业秘密的专有权，对象则是商业秘密，而后罪侵犯的客体，则是公私财物的所有权，对象则是公私财物。
三是前罪客观方面表现为：
①以盗窃、利诱胁迫或者其他不正当手段获取权利人的商业秘密；
②披露、使用或允许他人使用以前项手段获取权利人的商业秘密；
③违反约定或者违反权利人有关保守商业秘密的要求，披露、使用或者允许他人使用其所掌握的商业秘密；
④明知或应知有前项所列对商业秘密的侵犯行为，仍对该商业秘密予以获取、使用或披露，从而给商业秘密权利人造成重大损失的行为，而后罪的客观方面则表现为秘密窃取公私财物数额较大或者多次盗窃公私财物的行为。
四是前罪的主体，既可以是自然人，又可以是单位，而后罪的主体仅限于自然人。
五是前罪是明知或应知自己的行为是侵犯他人的商业秘密，而仍对该商业秘密予以获取使用或者披露，而后罪是直接故意，并具有非法占有公私财物的目的。
从以上两个罪的不同点可以看出，这两个罪是不易混淆的。但是，当行为以“盗窃”方式侵犯商业秘密时，由于其行为方式与盗窃罪相似，在实践中，有时也就容易混淆。
非法获取的手段包括盗窃、利诱、胁迫或者其他不正当手段，即《反不正当竞争法》第10条第1款之规定。
所谓“盗窃”就是指行为人以非法占有为目的，以秘密的方式窃取他人商业秘密的行为。由于商业秘密的无形性，其财产价值表现为一种使用权，盗窃行为的后果只是损害了商业秘密的秘密性和权利人可能因使用、转让而获得的利益，因此刑法并没有将盗窃商业秘密行为规定为一般意义上的盗窃财产犯罪，而是规定为侵犯商业秘密罪，作为侵犯知识产权罪之一种。盗窃商业秘密的行为可能由内部人实施，也可能由第三人实施，但主要是由内部人实施，因为商业秘密的秘密性状态并不容易为第三人所知。
所谓“利诱”是指行为人通过向掌握或了解商业秘密的有关人员提供财物或提供优厚的工作待遇或某种利益承诺，从而获取他人商业秘密的行为。这里的“掌握或了解商业秘密的有关人员”包括内部人(即雇员)或者知情人(即负有保密义务的人)，利诱的方式必须以内部人或知情人的参与为条件，否则将不属于利诱方式的侵权行为。
所谓“胁迫”是指行为人直接对商业秘密持有人，其雇员，其亲属的生命、健康、荣誉、名誉、财产等实施损害为要挟，迫使持有人或者其雇员提供商业秘密的行为。
所谓“其他不正当手段”实际上包含了盗窃、利诱、胁迫以外的所有非法手段。例如通过虚假的投资行为、联合开发行为、技术贸易谈判行为等方式获取他人的商业秘密。这一规定具有兜底的作用，将一些缺乏典型性的“不正当手段”纳入规范之中，但是，实践中在考量是否属于“其他不正当手段”时，应当综合判断并特别慎重把握。例如，通过“反求工程”(ReverseEngineering)而解构、分析他人的技术秘密行为就不属于以“其他不正当手段”侵犯商业秘密之情形，因为“反求工程”本身是一项复杂的技术劳动，是通过合法途径取得权利人利用秘密技术制造的产品并对产品进行拆解、分析、反复研究而获得原型结果(即原来的秘密技术)或者创新结果。
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