（1）商业秘密制度保护的技术要比专利制度保护的技术范围要大，凡是能够用专利制度保护的专有技术都可以采用商业秘密制度来保护；有些可借助商业秘密保护的技术，专利制度则无能为力。
（2）择商业秘密保护的成本相对来说小些。
（3）专利制度需要商业秘密制度的配合，专利制度不能脱离商业秘密制度独立存在；商业秘密可以独立存在。
从专利开发到授予专利有个时间的跨度，这个时间跨度可能很长，长到几年，甚至几十年，这段期间需要商业秘密保护制度，对开放中的技术，阶段性的技术成果，以及技术资料需要借助于商业秘密保护制度。
（4）商业秘密的保护难度更大，更复杂，因而更需要借助自身的力量。
（5）商业秘密制度的保护相对于专利保护来说，更脆弱。
（6）选择商业秘密制度来保护商业秘密，有利于企业对专有技术的控制和垄断。特别是对技术难度大，其它企业和个人在若干年内不可能开发出来的专有技术，可以考虑选择商业秘密进行保护。
当然并不是任何技术信息和经营信息都需要作为商业秘密来保护，适合用专利制度保护的应该申请专利。不适合申请专利的技术也不一定要作为商业秘密予以保护，是否需要作为商业秘密保护取决于保护的成本和该技术可能带来的利益之比，如果比值大于或等于一就没有保护的价值，如果比值小于一，这说明应考虑作为商业秘密来保护。
