专有技术专利保护的不足
（1）并不是所有的技术都可以申请专利，获得专利法的保护，根据专利法第二十二条规定： 授予专利权的发明和实用新型，应当具备新颖性、创造性和实用性。
新颖性，是指在申请日以前没有同样的发明或者实用新型在国内外出版物上公开发表过、在国内公开使用过或者以其他方式为公众所知，也没有同样的发明或者实用新型由他人向国务院专利行政部门提出过申请并且记载在申请日以后公布的专利申请文件中。
创造性，是指同申请日以前已有的技术相比，该发明有突出的实质性特点和显著的进步，该实用新型有实质性特点和进步。
实用性，是指该发明或者实用新型能够制造或者使用，并且能够产生积极效果。
对于明显不符合专利保护的技术成果只有借助于商业秘密的保护
（2）申请专利保护的成本很高。
A、人力成本。公司申请专利需要动员大量的人力，即使委托专利代理机构，仍需要一定的人员配合专利代理机构的工作。
B、专利申请文件的制作费用。如果委托专利代理机构代理申请专利则要支付专利代理费。
C、专利维持费。
（3）专利申请的风险大。
如果一旦专利申请被专利行政部门驳回，则该技术持有人只能依据商业秘密制度进行保护。但由于在申请专利时，公司不得不将专利文件和有关专利材料项专利行政部门和有关人员公开，而且根据专利法第三十四条规定： 国务院专利行政部门收到发明专利申请后，经初步审查认为符合本法要求的，自申请日起满十八个月，即行公布。国务院专利行政部门可以根据申请人的请求早日公布其申请。这意味着公司竞争对手可通过公开合法的渠道获得公司的技术开发情况。一旦公司的专利申请未能成功，公司不仅付出了一定的申请成本，而且该技术的商业秘密保护也面临威胁。
（4）专利申请周期长。
从专利申请到专利授予过程长，在该期限内，现行法律对在申请中的技术保护力度不足。
（5）丧失对该技术的专有控制
专利法第四十八条 具备实施条件的单位以合理的条件请求发明或者实用新型专利权人许可实施其专利，而未能在合理长的时间内获得这种许可时，国务专利行政部门根据该单位的申请，可以给予实施该发明专利或者实用新型专利的强制许可。
第四十九条 在国家出现紧急状态或者非常情况时，或者为了公共利益的目的，国务院专利行政部门可以给予实施发明专利或者实用新型专利的强制许可。
因而专利制度体现了专利权人利益和社会利益的平衡。一旦公司对其专有技术选择了专利的保护方式，也就意味着公司放弃了其对该技术的垄断。当然并不是说专利制度不如商业秘密保护制度好，二者各有优劣。公司需要根据自身的需要和目的，权衡各种因素进行考虑，做出决策。
可见企业在选择专利技术的保护方法时必须考虑各种要素，对于无法通过专利来保护的技术，不宜通过专利来保护的技术，或者更适宜用商业秘密来保护的技术，应通过商业秘密制度进行保护，以维护自身的利益或竞争优势。
商业秘密保护的特点
（1）商业秘密制度保护的技术要比专利制度保护的技术范围要大，凡是能够用专利制度保护的专有技术都可以采用商业秘密制度来保护；有些可借助商业秘密保护的技术，专利制度则无能为力。
（2）择商业秘密保护的成本相对来说小些。
（3）专利制度需要商业秘密制度的配合，专利制度不能脱离商业秘密制度独立存在；商业秘密可以独立存在。
从专利开发到授予专利有个时间的跨度，这个时间跨度可能很长，长到几年，甚至几十年，这段期间需要商业秘密保护制度，对开放中的技术，阶段性的技术成果，以及技术资料需要借助于商业秘密保护制度。
（4）商业秘密的保护难度更大，更复杂，因而更需要借助自身的力量。
（5）商业秘密制度的保护相对于专利保护来说，更脆弱。
（6）选择商业秘密制度来保护商业秘密，有利于企业对专有技术的控制和垄断。特别是对技术难度大，其它企业和个人在若干年内不可能开发出来的专有技术，可以考虑选择商业秘密进行保护。
当然并不是任何技术信息和经营信息都需要作为商业秘密来保护，适合用专利制度保护的应该申请专利。不适合申请专利的技术也不一定要作为商业秘密予以保护，是否需要作为商业秘密保护取决于保护的成本和该技术可能带来的利益之比，如果比值大于或等于一就没有保护的价值，如果比值小于一，这说明应考虑作为商业秘密来保护。
