商业秘密是科研、生产、经营活动的产物，其存在于企来活动的各个方面，分布在技术、生产、经营等各个部门，需要有组织机构和人员来实现对商业秘密的统一协调、管理和监控。商业秘密管理机构应视企业大小和商业秘密管理任务的需要选择相应模式。可以组建商业秘密管理专门机构，也可以指定企业法律部门、知识产权管理部门或者其他综合管理部门负责，小企业或者商业秘密相对较少的企业，也可以指定专人负责管理。不论采取何种组织管理模式，都应当突出以下原则：一是权力相对集中，明确赋予保密机构对商业秘密的统一管理权，避免政出多门形成内耗和管理死角;二是设定职责权限，明确规定保密管理责任人、保密管理机构和人员的管理责任，积极创造管理条件，维护其管理权威;三是强化管理素质，通过选拔、培训等渠道，增强保密管理人员的思想素质，通过选拔、培训等渠道，增强保密管理人员的思想素质和业务水平，打造一支忠诚、可靠、专业、干练的管理队伍。
用制度保护商业秘密，是法律认可的保护商业秘密的重要措施，也是现代企业制度的重要内容。商业秘密保护应根据商业秘密产生、复制、存储、传递、使用、保管等运行轨迹，以有效控制接触范围、消除泄密隐患为主要目的制定。保密制度一般分为三个层次;第一层为企业章程有关商业秘密保护的原则规定;第二层为企业商业秘密管理规定;第三层为单项保密规定以及保密协议。商业秘密保护制度主要包括：商业秘密载体保密管理制度;保密要害部门、部位管理制度;涉密人员管理制度;办公自动化管理制度;涉密会议、涉密活动管理规定;对外接待管理规定;对外合资、合作保密管理规定;对外宣传及广告策划保密规定;重点事项保密管理制度;奖惩制度等。
在激烈的市场竞争中，任何一个企业生产经营方面的商业秘密都十分重要。在世界各国特别是发达国家，商业秘密作为知识产权的一部分都普遍受到法律的保护，我国是世界范围内有影响的发展中国家，同样依法保护权利人的商业秘密，就显得非常必要，简单归纳其原因有以下四个方面：
商业秘密可以为权利人带来一定的、有时是巨大的经济利益。一些不法分子为获一已之利，采取各种手段，侵犯他人的商业秘密，有时给商业秘密权利人造成重大损失。要克服上述问题，必须加强商业秘密的保护。它不仅可以通过民事赔偿的方式有效弥补权利人的经济损失，而且可以通过责令停止、罚款等行政手段及时制止侵权行为的发生，从而最大限度地维护商业秘密权利人的合法权益。
商业秘密属于民事侵权行为，它不仅损害商业秘密权利人的经济利益，而且破坏正常的市场竞争秩序。加强商业秘密的保护，有助于打击扰乱市场秩序的不良行为，有助于树立公平、诚实、信用的市场经营理念。它可以使民法的基本原则与市场经济的内在要求有机结合起来，逐步构建和巩固良好的市场秩序。
世界上越来越多的国家重视商业秘密的保护。就世界贸易组织成员国而言，遵循《与贸易有关的知识产权协议》，运用民事法律手段保护商业秘密，是必须履行的基本义务。中国已加入WTO，企业面临着前所未有的挑战，这其中就包括商业秘密的进攻战和防御战，我们应当遵循《与贸易有关的知识产权协议》的要求，以加强商业秘密的保护。只有如此，才能促进对外交流与合作，才能最大限度保护国内商业秘密权利人的利益。
在现实生活中，商业秘密侵权行为以民事侵权最为常见，运用民事法律武器制裁侵权行为，给权利人以多种形式的民事法律救济，就十分自然地成为人们最常用的法律保护方法。民法保护成为商业秘密法律保护众多形式中最基本、最主要的形式。加强民事法律保护，意味着抓住了商业秘密保护的根本和关键，有助于提高商业秘密保护的整体效果。
企业的正当商业秘密权利被侵犯，应视不同情况，分别向不同部门寻求法律保护，主要有以下五种途径：
如果此前企业与侵权人之间签订了商业秘密保护合同，并且双方自愿达成仲裁协议的，可依据《仲裁法》向双方仲裁协议中约定的仲裁机构申请仲裁。
企业与职工（包括离职的）之间因商业秘密引起的纠纷或签订劳动合同的职工，期限未满，擅自跳槽，带走企业商业秘密，侵犯企业利益的，企业可依据《劳动争议调解仲裁法》向当地劳动争议仲裁委员会申请劳动仲裁。劳动仲裁是必经程序。
《反不正当竞争法》第25条规定了相应的行政责任，即对侵犯商业秘密的行为，监督检查部门应当责令停止违法行为，可以根据情节处以一万元以上二十万元以下的罚款。企业的商业秘密被侵犯后，可以向县级以上工商机关投诉，并提供商业秘密及侵权行为的有关证据。
根据《反不正当竞争法》、《民事诉讼法》等法律规定，企业的商业秘密被侵犯，可以直接向人民法院提起民事诉讼。向人民法院起诉的，要弄清人民法院的管辖范围，一般讲应向被告所住地人民法院或侵权行为地人民法院起诉。订立合同的，应向被告所住地或合同履行地人民法院起诉。
侵犯商业秘密行为构成犯罪时，权利人应向公安机关报案，由公安机关立案侦查，侦查终结的案件，移送同级人民检察院。检察院认为事实清楚、证据充分，应该追究刑事责任的，向同级人民法院提起公诉。对于犯罪行为尚未对社会秩序和国家利益造成严重危害的案件，权利人可以自行向法院提起刑事自诉。在刑事公诉或自诉程序中，权利人可以提起附带民事诉讼，要求被告人赔偿自己遭受的损失。
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