(一)对内保护制度的建立
企业的商业秘密必然要为企业的一部分雇员知悉，因此，如何在企业与雇员之间建立保护商业秘密的制度，比企业与企业之间相互保护商业秘密更为重要。企业内部对商业秘密保护，主要是建立保密规章制度和与雇员签订保密协议。
1、与雇员签订保密协议，积极培养雇员商业秘密意识
通过有关的保密合同或协议中的保密条款，可以约定有关单位或人员成为承担保密义务的主体，如果泄露，就违反了合同，将受到法律制裁。在劳动合同之外，另行签订保密协议，以约定企业与雇员之间的权利义务关系，这种方式更为直接有效，与雇员签订保密协议还应当包括竞业禁止的内容和条款。对员工的保密要求，首先告诉员工负有怎样的保密义务及相应的法律责任。使每一个职员都应意识到商业秘密对企业的重要性，承担商业秘密保护的重要性。
2、尽可能限制商业秘密的知悉范围
尽量控制知悉商业秘密员工的人数，如因工作要接触的，也尽可能将商业秘密进行分散，化整为零，使得个人手上掌握的商业秘密只是不能独立发挥作用的局部，只有将每个人手上的商业秘密都集中起来，才能成为完整的、具有实用性的商业秘密，而且限制员工打听与自己工作无关的业务技术情况。将含有商业秘密的生产过程安排在特定的保密区内进行，采取措施阻断外来视线，将机器的保密部分用箱体封闭。对属于商业秘密的原材料，用密闭容器盛装，不标名称，用颜色或符号代表。确定专人适用含有商业秘密的计算机，全面记录计算机的使用情况;对有关数据和文件进行加密，防止电子盗窃行为。
3、建立保密规章制度
有无严格的保密措施是界定商业秘密是否成立的重要标准，这些措施的实施首先得益于主体内部的保密规章制度。规章制度根据要求保密的对象可分为对物的保密制度和对人的保密制度。对物的保密范围包括厂区或生产区域的保密、生产设备、过程的保密、对原材料、模具的保密、对文件的保密、对计算机的保密以及对废弃物的保密等。相应制度有对物的隔离制度，保安和设定保密区域制度。对外来人员的审查、登记制度等。
对人的保密主要限制知悉的人群范围，限制知悉商业秘密的雇员披露或使用。对人的保密制度包括：文件和档案管理制度：各部门依据单位的文件与档案管理要求分别确定保密的密级，确定保密期限，加盖保密章，实行专人、专库、专柜保管，规定借阅范围和手续;对外散出或宣传资料的管理制度，如含有商业秘密，应加盖保密章，且作出保密说明;离职职工清退资料的保密管理等。
对上述对物，对人等制订相应的保密制度，制定出规章制度后，还要向员工公示，即向职工传达，使员工知悉。公示的方法包括召开员工大公布，或者在企业的宣传栏中张贴公示，向员工信箱发送电子邮件等，才能产生法律上的效力，达到制定规章制度的目的。
(二)对外保护制度
对外的保密主要体现在对外签署的相应合同上，例如在委托开发合同从委托事项中受托方必然知道相应的商业秘密，那么在合同中应当约定受托方应当负有保密义务，并且约定开发完成的技术秘密归委托方所有，受托人负保密义务。对于技术秘密转让合同，不论签订何种方式的许可方式，许可方与被许可方均要签订保密合同，或者是在许可合同中明确约定保密条款。在商务咨询及服务合同中企业针对经营中遇到专门问题，可能求助于律师事务所、会计师事务所或者其他专业的咨询中介服务机构，上述机构在从事咨询及服务的过程中可能知悉企业的商业秘密，也有可能同时为竞争企业提供咨询和服务，所以非常有必要签订保密合同，或者在咨询合同或者服务合同中约定明确的保密条款。对于一些重大的合同，建议正式合同订立前的保密合同，对在商务谈判中可能涉及的商业秘密，约定为谈判各方的保密义务。
对外比较容易透露商业秘密的还有对外宣传上，很可能在不经意之间商业秘密就被透露出去，我国在这方面吃的亏并不少，对于企业而言应当建立新闻发言制度，预先应当讲相关宣传材料进行审查，确保商业秘密不被透露。
