我国反不正当竞争法第25条规定，违反本法第10条规定侵犯商业秘密的，监督检查部门应当责令停止违法行为，并可以根据情节处以1万元以上20万元以下的罚款。
国家工商行政管理局《关于侵犯商业秘密行为的若干规定》第7条规定，违反本规定第3条的，由工商行政管理机关依照反不正当竞争法第25条规定，责令停止违法行为，并可以根据情节处以1万元以上20万元以下罚款。工商行政管理机关在依照前款规定予以处罚时，对侵权物品可以作如下处理：(一)责令并监督侵权人将载有商业秘密的图纸、软件及其他有关资料返还权利人;(二)监督侵权人销毁使用权利人商业秘密生产的、流人市场将会造成商业秘密公开的产品。但权利人同意收购、销售等其他处理方式的除外。
2.停止违法行为
我国行政处罚法第23条规定，行政机关实施行政处罚时，应当责令当事人改正或者限期改正违法行为。根据立法者的权威解释，责令当事人改正或者限期改正违法行为，是指行政机关要求违法当事人作为或者不作为，是起终止违法行为，令违法当事人履行其应当履行的义务，或者以其他方式达到与履行义务相当的状态。
返还商业秘密的载体，销毁侵权物品、作案工具等是责令停止违法行为的具体内容和形式。在现实生活中，侵犯商业秘密的情况比较复杂，在很多情况下，对侵犯商业秘密行为进行处理后，仍然存在一些不可回避的问题。这些问题如不作出处理，不仅会导致权利人的商业秘密被披露的后果，而且也容易使侵权人又发生新的侵权行为。只有把侵犯商业秘密行为的载体和工具统一处理，才能从根源上杜绝再次侵权商业秘密的可能。
3.如何进行罚款
应该说罚款是制止侵犯商业秘密行为的有效方式。罚款不是必须适用的，法律上规定可以根据情节处以1万元以上20万元以下的罚款。但是否罚款，或罚多少，应当根据侵权人侵犯商业秘密的具体情节来确定，由执法机关灵活掌握。但罚款时应考虑侵权手段是否恶劣、商业秘密的经济价值大小，侵害后果是否严重，侵权人是否采取了补救措施，以及其主观态度如何等因素。
4.拒不执行行政处罚决定继续侵权行为的处理
国家工商行政管理局《关于禁止侵犯商业秘密行为的若干规定》第8条规定，对侵权人拒不执行行政处罚决定，继续实施本规定第3条所列行为的，视为新的违法行为，从重予以处罚。处罚后的继续侵权行为当然是新的违法行为，而且属于情节严重的违法行为，当然应当作为新的违法行为从重处罚。
5.工商行政管理部门处理措施
(1)对被申请人违法披露、使用、允许他人使用商业秘密将给权利人造成不可挽回的损失的，应权利人请求并由权利人出具自愿对强制措施后果承担责任的书面保证，工商行政管理机关可以采取下列措施：
扣留被申请人以不正当手段获取权利人的载有商业秘密的图纸、软件及其他有关资料;责令被申请人停止销售使用权利人商业秘密生产的产品。
(2)认定侵权行为成立的，可以责令停止违法行为，并可以根据情节处以1万元以上20万元以下的罚款，并可对侵权物品作如下处理：
责令并监督侵权人将载有商业秘密的图纸、软件及其他有关资料返还权利人;监督侵权人销毁使用权利人商业秘密生产的、流入市场将会造成商业秘密公开的产品。但权利人同意收购、销售等其他处理方式的除外
