一般认为，根据民法通则的基本原理，结合侵犯商业秘密案件自身的特性，侵犯商业秘密的行为人一般应承担停止侵害、赔偿损失等民事责任。
(1)停止侵害
停止侵害主要是为了防止侵权行为给商业秘密权利人造成更大的损失，一般是在法院对侵权诉讼的实体问题作出判决以后才采取的救济措施。根据最高人民法院《关于贯彻执行〈中华人民共和国民法通则〉若干问题的意见(试行)》第162条的规定，对于商业秘密侵权案件，如果商业秘密的权利人能够证明以下几点，法院也可以应权利人的申请在诉讼前诉讼中先行作出停止侵害的裁定：原告初步证明被告侵犯了其商业秘密;如不停止侵权行为，将对权利人造成难以弥补的损失;停止侵害不会给被告造成不合理的损害。要求法院先行裁定停止侵害的权利人应当提供担保。
(2)赔偿损失
赔偿损失是一种常见的经济补偿方式，要求商业秘密侵权人依据法律规定的标准对权利人的损失予以补偿。《反不正当竞争法》第二十条明确规定经营者违反本法规定，给商业秘密权利人造成损害的，应当承担损害赔偿责任，被侵害的经营者的损失难以计算的，赔偿额为侵权人在侵权期间因侵权所获得的利润;并应当承担被侵害的经营者因调查该经营者侵害其合法权益的不正当竞争行为所支付的合理费用。
商业秘密侵权案件一般不适用消除影响、赔礼道歉的民事责任方式。江苏省高级人民法院关于印发《江苏省高级人民法院关于审理商业秘密案件有关问题的意见》的通知第十九条中规定，商业秘密侵权案件一般不适用赔礼道歉、消除影响的民事责任形式。
