商标侵权赔偿原则上：使原告权利恢复到没有被侵权的状态。《商标法》也明确了侵权赔偿数额计算依据的优先次序，即赔偿数额首先按照权利人所受损失确定，在难以确定情况下，才可按照侵权人在侵权期间所获利的利益确定。
商标法还引入了惩罚性赔偿制度，对于恶意侵犯商标专用权情节严重的，可以在按照上述方法确定数额的一倍以上三倍以下确定赔偿数额。目前商标侵权的法定赔偿额上限为300万元。商标侵权赔偿额的确定还与侵权人的获利与侵权行为之间的因果关系有关。
如侵权人获利主要因为攀附他人商标而来，则可以确定侵权人获利几乎都与侵权行为存在直接因果联系，因而以被告全部获利作为赔偿依据的案例并不鲜见。
根据商标法根据《商标法》、《最高人民法院关于审理商标民事纠纷案件适用法律若干问题的解释》的规定，商标侵权诉讼的原告应当是注册商标的所有权人或者利害关系人。因此，原告的主体应当符合上述规定，如果原告不是注册商标的所有权人或者利害关系人，被告可以提出原告诉讼主体不适格的抗辩。
侵犯注册商标专用权的诉讼时效为2年，从商标注册人或者利害权利人知道（或者应当知道）该侵权行为之日起计算。商标注册人或者利害关系人超过2年起诉的，如果侵权行为在起诉时仍在持续，在该注册商标专用权有效期限内，人民法院应当判决被告停止侵权行为，侵权损害赔偿数额应当自权利人向人民法院起诉之日起向前推算2年计算。如果发现超过诉讼时效，可以此为由提出抗辩。
商标法规定，在商标等有效期间内，权利人己经知道或者应当知道的侵权行为超过两年，权利人再提起诉讼的（包括侵权行为直持续进行发和超过两年中断后又实施侵权行为的情形），只要权利人提起诉讼时，侵权行为正在进行或者不超过两年，法律应当保护。如果诉讼时效超过规定，可以作为抗辩理由。
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