《商标国际注册马德里协定有关议定书》是在《马德里协定》的基础上发展而来的，它在申请条件、审查周期、工作语言、收费标准和收费方式、保护期限以及国际注册与基础注册的关系等方面都做出了重要修改，使得商标国际注册程序更加公平、科学、便捷，更加有利于保护商标注册当事人的权益，也更加有利于各成员国商标主管机关独立审查并协调一致工作。
《议定书》放宽了申请商标国际注册的条件，规定申请人不仅可以以其商标在原属国的注册为依据，而且可以以其向原属国商标主管部门递交的注册申请为依据，向国际局提出国际注册申请。这对于像我国这样进行商标注册实质审查的国家的注册商标申请人来说，是十分有利的。这一仅要求基础申请的规定不仅为注册申请人争取了申请商标国际注册的时间，避免因为国内注册过程中发生任何问题而影响国际注册的进程，而且使得申请人可以享受《巴黎公约》规定的六个月的优先权，有助于申请人商品早日在国际市场上获得知识产权方面的保护。
《议定书》使得商标专用权的确立更加合理。根据《马德里协定》的规定，某一商标自商标国际注册之日起5年期满前，如果该商标在原属国内因某种原因被撤销，其国际注册也将被撤销，即所谓的“中心攻击”原则。而《议定书》在这一问题上做出了重要修改：某一商标的国内注册被撤销，其国际注册也会被撤销，但是，在该商标国际注册被撤销之日起3个月内，可以将该商标注册转换为在有关被指定国的注册申请，并保留原国际注册日为该商标在有关被指定国的申请日。如果该商标原享有优先权日，则仍享有该商标的优先权日。根据这一程序，商标注册人在其商标被国内商标主管机关驳回或者撤销时，仍可继续在有关国家谋求注册商标权利保护，且不会丧失其商标较早的申请日期。
《议定书》延长了商标国际注册审查期限。《马德里协定》规定，商标国际注册要求领土延伸时，有关国家商标主管机关有权驳回的期限为1年，即被指定国的实际审查时间为12个月。而《议定书》规定，各缔约国如有需要，有权将审查驳回期限延长到18个月。这一规定在一定程度上缓解了商标国际注册审查与某些成员国国内法规定的国内商标注册审查期限之间的矛盾。
和《马德里协定》相比，《议定书》增加了英语作为工作语言。《马德里协定》规定工作语言仅为法语，而《议定书》规定各成员国商标主管部门和商标申请人可以在法语和英语之间进行选择，给相关手续的办理带来了极大的方便。这一特点吸引了越来越多的《马德里协定》成员国和非《马德里协定》成员国和国际组织加入《议定书》联盟，为国际注册提供了更广阔的适用空间。
