商号权和商标权两种权利冲突主要有以下两种：
（一）将与他人企业名称中的字号相同或者近似的文字注册为商标。
（二）将与他人注册商标相同或者近似的文字登记为企业名称中的字号。
这两种冲突的处理，应当遵守诚实信用、保护在先权利及禁止混淆三个原则。相关公众对商品或者服务是否产生混淆、误认应该是构成侵权的一个必要前提。
1、将他人的商标登记为自己企业名称中的商号，并简化使用企业名称，经营相同的产品。如之前所举的案例。
2、将他人的商号注册为自己的商标，并经营相同的产品与服务。比如将“狗不理”注册为自己的商标并经营包子之类的饮食行业。
3、将他人的本不相同的商号和商标，反过来注册为自己的商标和商号。如江苏省高院审理的上海惠工缝纫机厂的“惠工”商号和“海菱”商标，被上海海菱缝纫机设备有限公司将该商标用于企业名称的商号，又在商品上将上海惠工缝纫机厂的商号“惠工”注册为商标。
知识产权的客体即知识产品是一种没有形体的精神财富。虽然我国现有法律并未将商号权作为知识产权的一种类型加以规定，但从商号权所具有的地域性、无形财产性与商标权相似的行业性使商号权作为一种知识产权具有了可行性；而且《巴黎公约》第二条已把商号权定格为一种知识产权，因此商标权与商号权皆为知识产权的一种。所以客体的非物质性是两者的本质属性所在。正是由于这种特性，增加了两种权利发生冲突的可能性。
商标权与商号权同属于商业标记权，两者尽管在取得程序、构成要素等方面存在明显的区别，但在使用功能上，尤其对广大的消费者而言，都能起到标示产品来源和质量，降低搜寻成本的作用。因此，消费者通常把某种品牌的商品与某些厂家联系在一起，甚至于不加区别。
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