由于过去对中药知识产权保护的轻视，导致我国一些有价值的古方、验方和祖传秘方长期流落于民间，有的甚至被国外厂商无偿或低价掠走赚取巨额利润。据统计，在我国目前的中药专利申请中，80%以上为个人申请，企业专利申请尚不足20%。这种状况极大地影响了我国中药专利的成果转化及获取最大利益。目前，全球每年中成药销售额约为110亿美元，而中国只占了其中5%。不重视对中药知识产权的保护，已经给我们造成了一些难以挽回的损失，而国际市场竞争的加剧，又使中药产业面临更加严峻的挑战，因此在我国加强中药知识产权保护势在必行。当前我国中药知识产权保护主要有以下八种方式：
中药品种行政保护 为了加强中药知识产权的行政保护，国务院于1993年出台了中药品种保护条例。作为专利法的补充和完善，中药保护条例是行政法规。中药保护局限于品种，其保护期限从二级保护的7年至一级保护的10年到30年不等。相对于专利保护，中药品种保护是一种弱保护和缓宜之计，一旦其他企业改变剂型申报新药，其市场将被瓜分甚至被取代。
中药发明专利保护 近年来，中药的专利保护越来越受中药企业和研究院所青睐，这既有加入WTO的原因，也与新的药品注册管理办法出台的三个不侵犯专利条款有关，还与我国新修订的专利法适度放松对药品保护有关。
早在1985年4月1日，我国实施的第一部专利法规定，对药品和用化学方法获得的物质不授予专利权。1993年1月新修订的专利法扩大了对药品专利权的保护范围，可以通过对药品的制备工艺给予中药保护，发明专利保护期20年。加入WTO后，世贸组织要求我国修改专利法，其中对医药知识产权所作承诺包括：降低药品进口关税税率、放开药品分销业务、延长药品专利保护期等条款。因此，中药专利保护具有强制性，也是国际上认可的法律保护体系，是企业无形资产的组成部分。
中药商标保护 我国加入WTO后，企业自我保护意识加强，崛起了一大批中药品牌，其势直逼百年老品牌，显现了商标品牌的独特魅力。据统计，连续4年我国国内商标注册量超过了50万件，国际注册商标以年均1000件以上的速度增长，其中以中药为代表的药品及其保健品的商标注册数量占有相当比重。充分表明了企业运用商标战略保护中药品牌、实现裂变增长的运作是成功的。
中药原产地、地理标志的保护 地理标志是表明产品原产于某成员国境内某一特定地区，其产品因当地特殊的地理环境、气候造就了药材良好的质量特性，如吉林的人参、四川的贝母、宁夏的枸杞、文山的三七等。根据TRIPS协议，要求各缔约成员国有义务和责任遵守WTO-TRIPS协议中有关原产地保护的条款，同时各成员国还有互认和免检功能，它是一个国家名优特产品质量与信誉的标志和保证，在进入国际市场上不但拥有特殊的护身符，而且出口还将享受关税优惠待遇。
中药的外观包装设计保护 中药产品的外观包装是工业设计中涉及产品的形状、图案、色彩及组合、并富有美感的专业设计。工业设计在专利法中被称为外观设计，是对中药产品的除发明专利、商标以外的另一种保护方式。
商业秘密保护 商业秘密是不为公众知晓、未曾对外公开和披露的信息，我国的反不正当竞争法中有侵害商业秘密权益的条款，它也是中药知识产权保护的重要方式。包括中药研发信息、关键工业参数、试验数据、营销渠道、客户名单、财务信息等，企业通过实施保密措施加以保护。
国家科技秘密保护 关系到国家安全，科技发展和经济利益的科技成果均属于国家秘密。中药产业中的中药材、中药制剂配方、主要技术指标、工业路线、关键技术均可按技术密级、确定密级时间、保密期限申请，经各级科技部门保密办公室审查上报，由国家保密办公室核准即可获得相应的保密级和保密期限。
著作权的保护 企业在文化创建中形成的企业经营理念、宗旨，对外整合传播的信息，企业的标识、标志、广告用语、广告文案，特定的药品说明书设计等均属著作权的保护范畴，著作仅属于版权局管理和授权。
