海关在进出境环节对知识产权实施保护，从宏观上来说，一是有利于维护正常的进出口贸易秩序；二是有利于提高中国产品的国际形象；三是有利于完善中国知识产权保护体系，改善国内投资环境。
从微观上说，一是可以制止正在发生的侵权。海关扣留进出口侵犯知识产权货物，造成侵权商品国际交易的中断，制止侵权商品进入流通渠道，避免或者减轻了知识产权权利人遭受的侵权损害；二是可以防止将来发生的侵权。海关没收侵权货物、对进出口侵权货物的收发货人给予行政处罚以及将犯罪嫌疑人移送司法机关追究刑事责任等措施，加大侵权行为的违法成本，对故意生产、销售和进出口侵权货物的违法分子必然产生强大的惩戒和威慑力。同时也使一些因为缺乏法律知识和知识产权意识的企业和个人能够引以为戒，在今后的生产经营活动中自觉地尊重他人的知识产权；三是为启动民事救济提供了便利。通过海关查获进出口侵权货物，知识产权权利人可以获得对侵权人采取法律行动所必需的证据。此外，人民法院和知识产权行政主管部门也可以通过海关了解当事人在进出口过程中的侵权状况，从而更加迅速和准确的处理侵权纠纷。
