软件著作权登记申请流程是：
1、著作权人提交软件的鉴别材料、软件著作权登记申请表、本人身份证明等文件;
2、中国版权保护中心审查申请材料，且期限为自受理日起60日内;
3、申请符合规定的，予以登记，发给相应的登记证书，并予以公告。
法律依据
《计算机软件著作权登记办法》第八条
合作开发的软件进行著作权登记的，可以由全体著作权人协商确定一名著作权人作为代表办理。著作权人协商不一致的，任何著作权人均可在不损害其他著作权人利益的前提下申请登记，但应当注明其他著作权人。
第九条
申请软件著作权登记的，应当向中国版权保护中心提交以下材料：
(一)按要求填写的软件著作权登记申请表;
(二)软件的鉴别材料;
(三)相关的证明文件。
第十九条
对于本办法第九条和第十四条所指的申请，以收到符合本办法第二章规定的材料之日为受理日，并书面通知申请人。
第二十条
中国版权保护中心应当自受理日起60日内审查完成所受理的申请，申请符合《条例》和本办法规定的，予以登记，发给相应的登记证书，并予以公告。
软件著作权到中国版权保护中心申请。
1、申请软件著作权登记的，应当向中国版权保护中心提交以下材料：
(一)按要求填写的软件著作权登记申请表;
(二)软件的鉴别材料;
(三)相关的证明文件。
2、申请软件著作权登记的，应当提交以下主要证明文件：
(一)自然人、法人或者其他组织的身份证明;(二)有著作权归属书面合同或者项目任务书的，应当提交合同或者项目任务书;(三)经原软件著作权人许可，在原有软件上开发的软件，应当提交原著作权人的许可证明;(四)权利继承人、受让人或者承受人，提交权利继承、受让或者承受的证明。
软件开发者的开发者身份权保护期不受限制。软件著作权的其他权利保护期为25年，截止于软件首次发表后第25年的12月31日，保护期满前，软件著作权人可以向软件登记机关申请续展25年，但保护期最长不超过50年。因继承或单位分立、合并等法律行为使著作权人主体发生合法变更时，不改变相应软件著作权的保护期。因依法签订使用权或使用权许可合同而转让有关权利时，转让活动的发生不改变有关软件著作权的保护期。当拥有软件著作权的单位终止或拥有软件著作权的公民死亡而无合法继承者时，除开发者身份权外，有关软件的其他各项权利在保护期满之前进入公有领域。计算机软件所有人应向软件登记机构办理软件著作权登记。软件登记机构发放的登记证明文件，是软件著作权有效或者登记申请文件中所述事实确定的初步证明。
凡已办登记的软件，在软件权利发生转让活动时，受让方应当在转让合同正式签订后3个月内向软件登记管理机构备案，否则不能对抗第三者的侵权活动。中国藉的软件著作权人将其在中国境内开发的软件权利向外国人许可或转让时，应当报请国务院有关主管部门批准并向软件登记管理机构备案。
法人或者其他组织的软件著作权，保护期为50年，截止于软件首次发表后第50年的12月31日，但软件自开发完成之日起50年内未发表的，本条例不再保护。
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