商标使用费属于特许权使用费之一，《实施条例》第二十条有明确的定义，是指企业提供商标权的使用权取得的收入，应按照合同约定的商品权使用人应付商品权使用费的日期确认收入的实现。商标权是单一性质的法定权利，是指经依法注册商标的所有权人支配其注册商标并禁止他人侵害的非他性权利，包括商标权人对其注册商标的排他使用权、收益权、处分权、续展权和禁止他人侵害的权利等。
根据《实施条例》第四十九条的规定，企业内营业机构之间支付的特许权使用费，不得在税前扣除。由于企业所得税法采取法人所得税，企业分支机构属于企业总机构的组成部分，不是一个对外独立的实体，不能成为独立的企业所得税纳税人，应由企业总机构统一代表来进行汇总纳税。
在实际经营过程中，企业出于管理和生产经营等因素的需要，可能采取相对独立的内部分支机构管理，分支机构在企业总机构内部具有相对独立的资产、经营范围等，这就可能使这些分支机构之间可能发生类似于独立企业之间进行所谓提供经营管理服务，如支付商标使用费。但企业内部分支机构之间进行的这类业务活动属于内部业务活动，在缴纳企业所得税时，由于他们不是独立的企业所得税纳税人，需由企业汇总纳税，所以对于这些内部业务往来所产生的费用，均不计入收入和作为费用扣除。也就是说，分公司与总公司之间的商标使用费，总公司无需计入收入，分公司无需计入费用，也就不存在税前扣除这个问题。
这里需要注意的是，子公司使用母公司的商标权所支付的商标使用费，是不属于《实施条例》第四十九条规定的不得税前扣除的特许权使用费。由于母公司与子公司属于不同独立法人企业，存在着控制与被控制的关联关系，应当按照独立企业之间的公平交易原则来确定商标使用费的价格，作为企业正常的费用进行税务处理。
《企业所得税法》第八条规定，企业实际发生的与取得收入有关的、合理的支出，包括成本、费用、税金、损失和其他支出，准予在计算应纳税所得额时扣除。第四十一条规定，企业与其关联方之间的业务往来，不符合独立交易原则而减少企业或者其关联方应纳税收入或者所得额的，税务机关有权按照合理方法调整。同时，《实施条例》第一百二十三条规定，企业与其关联方之间的业务往来，不符合独立交易原则，或者企业实施其他不具有合理商业目的安排的，税务机关有权在该业务发生的纳税年度起10年内，进行纳税调整。综上所述，子公司使用母公司的商标所支付的商标使用费，母公司应当按照企业间的独立交易原则来确认收入，子公司支付的商标使用费只要符合关联企业之间的规定，就可以按计入费用在税前扣除。
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