继早期尸体变化后出现腐败、毁坏、白骨化，以及保存型的木乃伊、尸蜡、鞣尸等皆为晚期尸体变化。
1、腐败
从死后第2---3昼夜开始产生大量气体（硫化氢、甲烷、氨等），散发出难闻的腐败臭味。
腐败一般开始于大肠，主要是肠内细菌引起，在右下腹的皮肤上出现绿色斑块，然后扩延至全身，在12---14天腐败气体进入皮下组织，颜面肿胀呈黑色，眼球突出，口唇变厚、舌尖挺出，腹部膨隆，呈所谓巨人观。由于腹腔内的腐败气体的压力作用，使口鼻腔流出血性泡沫液体，排出大小便，阴囊与阴茎膨大成球状，子宫内胎儿娩出，即死后分娩。
在腐败过程中，尸体所有软组织分解消失露出白骨。在空气中白骨化所需的时间随季节不同，成人尸体在夏季需半个月至1个月以上。在土中白骨化经过时间长，季节变化少，在成人需7---10年，小儿尸体4---5年，幼儿尸体2---3年，新生儿尸体大约1年。
根据尸体腐败发展的程度，可大致推测死后经过时间，急剧的尸体腐败不影响骨损伤鉴定，但对生前伤或死后伤鉴别以及疾病死亡原因的确定会造成很大困难，甚至无法鉴定。
2、动物毁坏尸体
各类昆虫、啮齿类和食肉类动物也能严重损伤尸体，甚至毁殆尽。
蝇类对尸体的毁坏最为严重，人死后苍蝇就即可在尸体眼角、口、鼻孔、肛门、伤口等周围产卵，暖和天气经过1---3天卵孵成蛆，软组织被食成蜂窝状。蛆又可以长成蛹，过两周又成蝇，然后再开始新繁殖周期。在条件适宜时，成人尸体在1个月左右就能被蝇类吃尽软组织。
蚂蚁也能破坏尸体，一般认为，在两个月内，蚂蚁能将一巨成人尸体咬食得只剩骨骼。
其他动物破坏尸体（如犬、猫、狼、狐、鼠、鸟类等），均能留下有特征的咬痕。水中尸体可被鱼、虾、蟹等咬食。
