根据刑事诉讼法及《关于刑事诉讼法实施中若干问题的规定》和《人民检察院刑事诉讼规则》的有关规定，检察机关进行刑事立案监督工作，一般是按照下列程序进行：刑事立案监督案件的受理——要求刑事立案主体说明不立案的理由——认为刑事立案主体说明的不立案的理由不成立时通知刑事立案主体立案侦查——对有刑事立案侦查权的案件审查决定直接立案侦查——报上级检察机关备案与审查。
具体说来，刑事立案监督案件的受理有两种情况：
第一种情况是积极的，即人民检察院在具体办理审查批准逮捕和审查起诉案件时，受理公民、组织的报案、举报时，以及进行调查研究时，发现公安机关对应当立案侦查的案件而不立案侦查的，由审查逮捕部门审查，审查逮捕部门经过调查、核实有关证据材料，认为需要公安机关说明不立案理由的，经检察长批准，应当要求公安机关在七日内书面说明不立案理由。经人民检察院审查逮捕部门审查，认为公安机关不立案的理由不能成立，经检察长或者检察委员会讨论决定，应当通知公安机关立案。公安机关在收到人民检察院《要求说明不立案理由通知书》后七日内应当将说明情况书面答复人民检察院，人民检察院认为公安机关不立案理由不能成立，应当向公安机关发出《通知立案书》，公安机关应当在《通知立案书》发出后十五日内决定立案，并将立案决定书送达人民检察院。
第二种情况是消极的，即公安机关对应当立案侦查的案件而作出不立案决定，被害人不服，要求追究行为人的刑事责任，为此向人民检察院提出的，由人民检察院的控告申诉部门受理，不得以任何理由予以拒绝。人民检察院根据事实和法律进行必要的调查后，认为需要公安机关说明不立案理由的，应当将案件移送审查批捕部门办理。如果人民检察院认为公安机关说明的不立案理由不能成立，应当通知公安机关立案，方式和时间与前一种情况相同。如果人民检察院审查公安机关说明不立案的理由，认为确实不符合法律规定的立案条件，应当由控告申诉部门在十日内将不立案的理由和根据告知被害人，并做好解释和说服工作。(对其他刑事立案主体的法律监督，法律未作明确规定，检察机关可以参照对公安机关的刑事立案监督执行;对其他刑事立案活动的法律监督亦然。)
人民检察院通知刑事立案主体立案，刑事立案主体应当立案。人民检察院依法对通知立案的执行情况进行监督。对于刑事立案主体接到通知立案书后不立案的，可采取以下措施，督促其接受监督：
1、发出《纠正违法通知书》，责成其纠正违法行为。
2、向上一级人民检察院报告，由上一级人民检察院向同级刑事立案主体发出相应通知，实施监督。
3、对于刑事立案主体管辖的国家机关工作人员利用职权实施的重大犯罪案件，需要由人民检察院直接受理的时候，经省级以上人民检察院决定，直接立案侦查。
4、对刑事立案主体工作人员构成徇私枉法等犯罪的，立案查处。
5、向同级人民代表大会或其常务委员会汇报，建议予以纠正。
6、向当地纪检监察部门提出检察建议，建议给予刑事立案主体及其直接责任人员党纪政纪处分。
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