疑罪从无原则即在既不能证明被告人有罪又不能证明被告人无罪的情况下，推定被告人无罪。“疑罪从无”折射出我国在法治建设进程中对法律价值的重新协调和平衡：在关注保护社会之外，对公民人权的保障和尊重，是现代刑事司法文明与进步的重要标志之一。
我国刑事诉讼程序为侦查、审查起诉、审判三个阶段，刑事诉讼法对疑罪从无原则在这三个阶段的适用分别规定了不同的处理方式。
1、侦查阶段
侦查机关适用疑罪从无原则的法律依据是相对模糊的：(1)我国《刑事诉讼法》第一百二十九条规定“公安机关侦查终结的案件，应当做到犯罪事实清楚、证据确实充分”。(2)第七十四条规定，“犯罪嫌疑人、被告人被羁押的案件，不能在本法规定的侦查羁押期限内办结，需要继续查证、审理的，对犯罪嫌疑人、被告人可以取保候审或监视居住。”上述条文并未明确规定疑罪从无原则，但从条文的相互关系中，我们是可以推理出适用疑罪从无原则的可行性的：侦查机关终结案件须达到“证据确实、充分”的要求，若证据不足则不得终结，不得移送检察机关审查起诉。由于不能启动下一诉讼程序，则事实上是适用了疑罪从无原则。侦查机关撤销案件的理由是“发现对犯罪嫌疑人不应追究刑事责任”，“不应追究刑事责任”是指查明案件不存在犯罪事实或犯罪嫌疑人的行为符合刑事诉讼法第十五条的规定。而对于“证据不足”的，侦查机关一般不得直接撤销案件，而应在侦查羁押期限届满后改为取保候审或监视居住，待取保候审或监视居住期限届满按自动撤销案件处理。上述推理说明的是，疑罪从无原则在侦查阶段是可以适用的。但由于没有法律的明文规定，适用疑罪从无原则完全依赖于侦查或羁押的期限，故这种适用仅仅是被动适用，侦查机关不具有适用该原则的主动权。
2、审查起诉
刑事诉讼法第一百四十条第四款规定，“对于补充侦查的案件，人民检察院仍然认为证据不足，不符合起诉条件的，可以作出不起诉的决定。”检察机关享有的不起诉权即是无罪认定权，行使这项权利即是适用疑罪从无原则。须注意的是，不起诉仅仅是“可以不起诉”，“可以不起诉”意味着也“可以起诉”。这就是说，是否适用疑罪从无原则，检察机关是享有选择权的。当然， “可以不起诉”并不完全等同于“可以起诉”，而且我国立法对起诉或不起诉还是有一定倾向性的。通观起诉部分的法律条文，基本上都是对起诉进行规定，只有在极特别的情况下，符合一定的条件才可以不起诉，且仅仅是“可以”而非“应当”。所以说，“可以不起诉”是带有“起诉”的倾向性的。
3、审判阶段
我国刑事诉讼法第一百六十二条第(三)项规定，“证据不足，不能认定被告人有罪的，应当作出证据不足，指控罪名不能成立的无罪判决。”这是对疑罪从无原则的典型概括。刑事诉讼法第一百七十一条第(三)项规定，“缺乏罪证的自诉案件，如果自诉人提不出补充证据，应当说服自诉人撤回自诉或裁定驳回。”这也是在审判阶段贯彻疑罪从无原则的表现。“从无”即是无罪。根据刑事诉讼法第十二条“未经人民法院依法判决，对任何人都不得确定有罪。”人民法院对成立犯罪具有专属的认定权，反之，认定无罪也是人民法院应当享有的权利(但并非是专属权利，检察机关也享有无罪认定权)。疑罪从无原则在审判阶段得到彻底地贯彻。
《刑事诉讼法》第一百七十七条 犯罪嫌疑人没有犯罪事实，或者有本法第十六条规定的情形之一的，人民检察院应当作出不起诉决定。
对于犯罪情节轻微，依照刑法规定不需要判处刑罚或者免除刑罚的，人民检察院可以作出不起诉决定。
人民检察院决定不起诉的案件，应当同时对侦查中查封、扣押、冻结的财物解除查封、扣押、冻结。对被不起诉人需要给予行政处罚、处分或者需要没收其违法所得的，人民检察院应当提出检察意见，移送有关主管机关处理。有关主管机关应当将处理结果及时通知人民检察院。
从原刑诉法和规定(二)规定可以看出,刑事案件的证明责任分担有三,一是人民检察院负有证明嫌疑人、被告人有罪的责任,即检察机关提起公诉的案件,必须达到犯罪事实已经查清,证据确实充分,依法应当追究刑事责任的标准。二是自诉案件的自诉人应当对控诉承担证明责任。自诉案件中,自诉人处于原告的地位,独立地承担控诉职责,对自己提出的控诉主张依法应当承担证明责任。
三是例外情况下,嫌疑人、被告人承担应当承担的提出证据的责任。如巨额财产来源不明案,被告人对明显超过合法收入的那部分财产的证明责任。两高三部《关于办理刑事案件排除非法证据若干问题的规定》(以下简称规定(二))规定,被告人及其辩护人认为,被告人审判前供述的非法取得的证明责任,由被告人及其辩护人承担。笔者认为例外的情况,实际上被告人对自己主张、辩解的证明,不能认为是刑事案件证明责任的承担。
新刑诉法规定了公诉案件中被告人有罪的举证责任由人民检察院承担,自诉案件中被告人有罪的举证责任由自诉人承担,举证责任的确立,对于刑事诉讼的公正合法有着深远的影响,有效地举证是质证、认证最后进行判决的关键,对于保护公民的合法权益有着重要的意义。在司法实践中,应注重举证的相应内容,为打击违法犯罪做好保障。
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