(一)组织、领导、参加恐怖组织罪与组织、领导、参加黑社会性质组织罪
虽然这两种犯罪在客观方面都属于犯罪组织，一般都涉及故意伤害、故意杀人以及绑架等严重破坏经济和社会生活秩序等暴力行为。但前者危害的客体是公共安全，而后者危害的客体是社会管理秩序。恐怖组织一般带有较强的政治目的，一般需要有国家权威机构认定和公布；黑社会组织更多是为了追求非法经济利益，不需要国家权威机构的认定和公布。所以行为方式的认定也有很大差别。
比如2014年昆明火车站严重暴恐案，被告人受极端宗教思想影响，先后纠集于广东、河南以及甘肃等地，推选头目、训练体能，逐渐逐渐形成了以实施暴力恐怖活动为目的的恐怖组织，2月27日晚8点20分5名被告到昆明火车站，打出恐怖旗帜，肆意砍杀无辜群众，致31人死亡，141人受伤，其中40人系重伤。昆明市中级人民法院分以组织、领导恐怖组织罪，故意杀人罪，数罪并罚，判处3名被告人死刑，剥夺政治权利终身；1名被告人在羁押时已怀孕，属于依法不适用死刑的情形，判处其无期徒刑，剥夺政治权利终身。
(二)组织、领导、参加恐怖组织罪与资助恐怖活动罪
虽然这两种犯罪都属于危害公共安全犯罪，都与恐怖活动或者恐怖组织有着直接的关系。
但前者是组织、领导、积极参加以及参加恐怖组织活动的行为；后者则是指为恐怖活动组织或者实施恐怖活动的个人筹集、提供经费、物资或者提供场所以及其他物质便利的行为。比如发生在云南某地的资助恐怖活动案，被告人为实施恐怖活动的人联系租房，为观看有关视频提供U盘，积极为实施恐怖活动者筹措人民币3万元等资助行为，被人民法院一资助恐怖活动罪判处有期徒刑4年，并处罚金人民币5000元。
需要指出，对于组织、领导、参加恐怖组织后又资助本组织或本组织人员恐怖活动的行为人犯罪性质如何认定，权威机关并没有相应司法解释，一般情况下其资助目的是为恐怖组织提供便利，不宜以这两种犯罪施行数罪并罚，以组织、领导、参加恐怖组织罪的加重情节处理比较合适；如果资助其他恐怖组织或者实施恐怖活动的个人的，一般应当数罪并罚。
