认定本罪，应注意以下三个问题：
1．本罪与故意毁坏财物罪的界限
故意毁坏财物罪的对象可以是交通工具，因而应注意区分这种犯罪与破坏交通工具罪的界限。两者的不同之处主要有：前者侵犯的客体是公私财物的所有权，而后者侵犯的客体则是交通运输安全；后者的对象必须是正在使用中的交通工具，而前者则无此限制。因此，如果行为人的毁坏行为不影响交通工具的安全行驶或者已经造成的交通工具不能行驶的结果，对其就应以故意毁坏财物罪论处；反之，就应当对其以破坏交通工具罪处理。
2．本罪与盗窃罪的界限
盗窃罪的对象可以是交通工具，因而应注意区分这种犯罪与破坏交通工具罪的界限。两者的不同之处主要有：前者侵犯的客体是公私财物的所有权，而后者侵犯的客体则是交通运输安全；后者的对象必须是正在使用中的交通工具，而前者则无此限制。因此，如果行为人的盗窃行为不影响交通工具的安全行驶或者已经造成的交通工具不能行驶的结果，对其就应以盗窃罪罪论处；反之，就应当对其以破坏交通工具罪处理。
3．本罪与放火罪、爆炸罪的界限
以放火、爆炸方法破坏交通工具，既构成本罪，也构成放火罪、爆炸罪，属于法条竞合，根据特殊法优于普通法的原则，对此情况应按破坏交通工具罪定罪处罚。
