1工程重大安全事故罪的主体范围问题。对于本罪的主体范围规定的过窄，即只能是“建设单位、设计单位、施工单位、工程建理单位”。对于不具有法定资格或者不是依法成立的单位是否能构成本罪的主体，刑法典中没有明确规定；对于非法建设者或不构成单位的建设者能否构成本罪主体，刑法典亦没有明确规定；另外，对于单纯从事勘察的单位是否可以成为本罪的主体，许多学者对此持肯定态度。
2 关于本罪直接责任人认定的问题。对于负责工程质量标准的领导人员要求负责工程质量标准的普通工作人员降低工程质量标准，因而导致工程安全事故的发生，则如何解决后者的责任，我国学者认为应分情况而定：如果是领导提出要求而没有其他威逼言辞，而普通工作人员听从吩咐，降低标准，造成损害的，应对两者均以本罪论；如果是前者提出要求并威逼后者执行的，两者均以本罪论但前者应从重处罚，而后者应从宽处罚。
3 对本罪是单位犯罪的认定，我国学者认为，工程重大安全事故罪是单位犯罪，实行单罚制，仅追究直接责任人的刑事责任。但如何把握本单位犯罪与自然人实施的其他相关犯罪的界限问题，在司法实践中存在颇多疑问。为此学者们对此有不同的看法，有人认为，本罪是单纯的单位犯罪，自然人不能构成本罪，如果是自然人擅自降低工程质量标准，导致发生重大安全事故，则以重大责任事故罪论处，不应构成本罪。
4 对于本罪的主观方面的认定。我国学者对于本罪的罪过形式和行为人对违反国家规定降低工程质量标准的心理持有不同的看法。概括起来，主要有如下几种观点：第一种，认为本罪是过失犯罪，既可以是疏忽大意的过失，也可以是过于自信的过失；第二种，认为本罪是过失犯罪，即对造成重大安全事故是过失，但对违规本身，既可以是过失，也可以是故意；第三种，认为行为人造成重大安全事故是过失，但对降低工程质量标准是处于故意；第四种，认为本罪的主观方面表现为过失或在少数情况下也表现为间接故意；第五种，对于造成人员伤亡后果是过失，但对于财产损失的严重后果是处于故意。各位学者对自己的观点各持一词，百家争鸣。
5 关于本罪的客观方面。
首先，行为人必须“违反国家规定”，这里的“国家规定”众学者莫衷一是，有的认为是违反各级机关及有关主管部门对建筑工程规定的国家标准、行业标准、地方标准；有的学者认为是指违反国家、行业发布的有关法律、要求；有的认为是违反全国人大及其常委会和国务院制定的有关法律、法规。[page]
另外，目前学术界对于降低工程质量标准的通说认为：这主要表现在建设单位降低工程质量，压缩工程造价、压缩合理工期和任意增加楼房层数等等；设计单位不按建设工程质量标准进行设计；施工单位在施工中偷工减料、使用不合格的建筑材料等等；工程监理单位与他人串通，弄虚作假、验收人员责任心不强，盲目验收等等。学者们普遍认为，降低工程质量标准的外延很广，不可能做出完全概括。还要以其是否违反国家规定为准。
6 对于本罪的罪名问题，一些学者认为，现在刑法典137条将本罪定为“工程重大安全事故罪”不够全面与准确，应该为“建设工程重大质量安全事故罪”。这样会使人一目了然地看出该罪是发生在建设工程领域中的由质量引发的重大安全事故。另外，有学者认为建设工程的外延大于建筑工程的外延，因此应将“建筑工程”该为“建设工程”。
7 对于本罪的犯罪结果，有学者认为，本罪的犯罪结果应借鉴日本和台湾的建筑立法经验，将“造成重大安全事故”该为“造成公共危险”即可构成本罪，即将本罪由“结果犯”该为“危险犯”，以防止不法分子有可乘之机。
