由于法律对巨额财产来源不明罪仅作概括性规定，司法机关在认定巨额财产来源不明罪时仍然困难重重，尤其是在侦查阶段存在大量取证难点。
(一) 如何计算非法所得的数额的问题
国家工作人员的合法收入是计算非法所得的基础。国家工作人员的合法收入，应当包括国家工作人员的工资、奖金、国家发放的各种补贴、本人的其他劳动收入、亲友的馈赠和依法继承的财产。非法所得数额应以国家工作人员的财产或者支出与其合法收入的差额部分计算。汁算非法所得时，应将合法收入部分扣除，只计算差额部分。如果行为人能够说明财产的来源是合法的，并经查证属实的，应作为本人的合法收入;如果行为人不能说明财产的来源是合法的，则应减去其合法收入的差额部分，即视为非法所得，其行为构成巨额财产来源不明罪。
巨额财产来源不明罪与贪污罪和受贿罪有着密切的联系，很多巨额财产来源不明就是没有被查明证实的贪污罪和受贿罪。但巨额财产来源不明罪作为一个独立的罪名有着自己的犯罪构成。首先，贪污罪和受贿罪的犯罪主体的范围要比巨额财产来源不明罪大一些，除国家机关工作人员，还包括国有公司、企业、事业单位其他经手管理公共财产的人员和其他依法从事公务的人员。在犯罪的客观方面，巨额财产来源不明罪只要求行为人拥有超过合法收入的巨额财产，而且行为人不能说明、司法机关又不能查明其来源的即可。也就是说，行为人拥有的来源不明的巨额财产既可能是来自于贪污、受贿，也可能是来自于走私、贩毒、盗窃、诈骗等等行为，这些都不影响构成巨额财产来源不明罪。
