(一)区分罪与非罪的界限
不是故意违抗作战命令，而是由于客观条件限制行为人不能完成战斗任务的，或是执行错误命令而导致战斗失利的，或者违抗的是上级与作战无关的指示的，不构成违抗作战命令罪。
(二)区分违抗作战命令罪与阻碍执行军事职务罪的界限
违抗作战命令的行为，有时与阻碍指挥人员执行职务的行为容易混淆，两者的区别是：
1、前者侵害的对象是上级首长或者指挥人员的命令、指示，后者侵害的对象则是指挥人员或值班、值勤人员本身。
2、前者一般由不作为的行为构成，后者则是一种积极作为的犯罪行为。
3、前者只要有不执行命令的消极行为，并且对作战造成危害的，即构成犯罪，后者则要求行为人在客观方面采取了暴力、威胁手段。
4、前者只能发生在战时，后者既可发生在战时，又可以发生在平时。
(三)区分本罪与战时临阵脱逃罪的界限
从广义上讲，军人在接受作战任务后临阵脱逃的，本身就是一种严重的违抗作战命令行为。但在定罪时，要严格把握两者的界限。区别主要有以下几点：
1、战时违抗命令罪侵害的是作战指挥秩序，而战时临阵脱逃罪侵害的是军人参战秩序。
2、战时违抗命令罪在客观方面表现为违背并抗拒执行命令，其行为一般发生在接受上级命令时，行为人公然抗拒执行上级的命令，但并不需要采取脱离岗位的方式，而战时临阵脱逃罪表现为脱离岗位逃避参加作战，其行为一般发生在已受领了具体的作战任务后，而且必须表现为脱离岗位。
3、犯罪的目的不同，战时违抗命令罪是为了达到不执行命令的目的，而战时临阵脱逃罪是为了达到不参加作战的目的。
在具体案件中，战时违抗命令的行为与战时临阵脱逃的行为可能出现犯罪竞合的现象，即以临阵脱逃的方式抗拒执行上级的命令。虽然战时违抗命令罪与战时临阵脱逃罪的法定最高刑都是死刑，但战时违抗命令罪的法定最低刑是3年有期徒刑，比战时临阵脱逃罪的法定最低刑要重，所以应按战时违抗命令罪论处。
(四)区分本罪与投降罪的界限
战时违抗命令罪与投降罪都是发生在战时的故意犯罪，而且投降敌人的行为在某种意义上也带有违抗命令的因素，在定罪上可能发生混淆。其区别主要以下几点：
1、犯罪客体不同，战时违抗命令罪所侵害的是作战指挥秩序，而投降罪侵害的是国防安全秩序和军人参战秩序。
2、犯罪的客观方面不同。战时违抗命令罪表现为违背并抗拒执行上级的命令，但并不一定必须在面临敌人时，而投降罪表现为自动放下武器，向敌人投降，所以必须是在面临敌人时。
3、犯罪的主观方面不同。这两种犯罪虽然都是故意犯罪，但行为人的主观目的不同，战时违抗命令罪是为了不执行上级命令，而投降罪是为了保全性命。
在具体案件中，战时违抗命令罪与投降罪可能出现犯罪竞合的现象，即行为人是在拒不执行命令的同时向敌人投降。对这种情况一般应按处理想象竞合犯的原则，以较重的罪名，即战时违抗命令罪论处。
(五)区分本罪与擅离、玩忽军事职守罪的界限
战时违抗命令罪和擅离、玩忽军事职守罪在行为的客观表现上有时很相似，侵害的直接客体也有相同之处，在定罪上可能发生混淆。其主要区别有以下几点：
1、战时违抗命令罪所侵害的直接客体是作战指挥秩序，而擅离、玩忽军事职守罪侵害的是指挥和值班、值勤秩序。
2、在犯罪的客观方面，战时违抗命令罪以违背并抗拒执行上级命令为特征，而且这种行为只能发生在战时，但并不要求必须造成严重后果，属于行为犯，而擅离、玩忽军事职守罪则以擅自离开正在履行职责的岗位，或者在履行职责的岗位上不履行职责
