一、关于主观方面
盗掘古文化遗址、古墓葬罪在主观上毫无疑问只能由故意构成，而且一般还具有非法占有古文化遗址、古墓葬中文物的目的，过失不构成本罪。但本罪主观方面为直接故意还是直接故意与间接故意并存，存在较大的分歧。一种观点认为，本罪的主观方面只能是直接故意，即行为人明知是古文化遗址、古墓葬而盗掘，间接故意不构成本罪;另一种观点认为，只要行为人的盗掘行为出于故意，其对盗掘的对象是否属于古文化遗址、古墓葬即使是不确定的，也可以构成本罪，即构成本罪的主观方面也可以是间接故意。
笔者认为，将盗掘古文化遗址、古墓葬罪的主观方面限定为直接故意是不妥当的。行为人明知自己行为侵害的可能是古文化遗址、古墓葬而予以盗掘，对是否真的会发生和造成危害后果持放任态度，应该构成本罪，即间接故意也可以构成本罪。当然，如果行为人对古文化遗址、古墓葬缺乏明知(包括应知)，就不构成本罪。如过去浙江省慈溪上林湖越窑遗址还未被发现时，一些当地的居民常常将破瓷片垫地基、围围墙等，对这种情况就不能以犯罪处理。
二、关于罪名
盗掘古文化遗址、古墓葬罪属选择性罪名，既可结合适用，也可选择适用，而结合适用的前提是行为人不仅实施了盗掘古文化遗址的行为，还实施了盗掘古墓葬的行为。笔者认为，对盗掘古文化遗址、古墓葬罪罪名的适用应不同于其他刑法规定的选择性罪名，如持有、使用假币罪，走私、贩卖、运输、制造毒品罪等。这是因为古墓葬与古文化遗址之间存在特殊的关系，如何认定罪名应区别不同情况分别对待。
古文化遗址是指古代人类各种活动留下的遗迹;古墓葬，泛指人类采取一定方式对死者进行埋葬的遗迹，包括墓穴、葬具、随葬器物和墓地。从两者的概念不难看出，古文化遗址包含的范围大，它是指古代人类各种活动留下的遗迹，古墓葬只是古文化遗址中的一个部分，当然这是在对同一文化年代、同一地点或区域而言。在这种情况下，古墓葬和古文化遗址是一个有机的整体。笔者认为，盗掘古文化遗址内的古墓葬，不仅破坏了古墓葬，也相应地破坏了古文化遗址，对此应认定为盗掘古文化遗址、古墓葬罪，而不是单单以盗掘古墓葬来认定;如果盗掘的是古文化遗址，没有盗掘古墓葬的，就以盗掘古文化遗址罪认定;如果既盗掘古文化遗址，又盗掘古墓葬的，也以盗掘古文化遗址、古墓葬罪认定;如果古文化遗址中的古墓葬是另一时期或年代的，与古文化遗址毫不相干，没有任何联系，那么，盗掘古文化遗址中的古墓葬应单独定盗掘古墓葬罪。简单地按行为对象来认定罪名而不顾两者间相互关系的做法，不符合古文化遗址和古墓葬这种特殊文物的固有特性。
三、关于对盗掘“多次”的认定
刑法将多次盗掘古文化遗址、古墓葬的作为处十年以上有期徒刑、无期徒刑或者死刑的情形之一。那么，何为“多次”?司法实践中有两种分歧意见：一种认为，多次是指只要盗掘的次数超过3次，不管盗掘对象是同一的还是不同的;另一种认为，对不同对象实施3次以上的才能认为是多次。笔者同意第二种观点。古文化遗址、古墓葬特别是古墓葬的特殊性决定了盗掘一般是一个循序渐进的过程，很少是一蹴而就的，这与盗窃、抢劫等作案方式有所区别。不少盗掘人为挖掘古墓用了好多次好多天，对这种情况如果按第一种意见，就应该认定多次。这显然会导致量刑过重，也忽略了盗掘行为具有连续性的特点，因为多次的行为都基于相同的目的，实施的是相同犯罪行为，又是相同的行为对象，所反映的是盗掘的过程。因此，笔者认为可以把盗掘古文化遗址、古墓葬罪看成是连续犯，而将连续行为的次数作为犯罪从重情节来规定是不甚科学的，也不符合罪刑相适应原则。
四、关于古墓葬的鉴定标准
根据刑法规定，盗窃具有历史、艺术、科学价值的古墓葬才构成犯罪，其前提一是必须要有历史、艺术、科学价值;二是必须是古墓葬。那么，判断这个标准必须需要专门的人员及专门的知识和科学手段，也就是需要专门的鉴定部门才能予以确认。但对古墓葬的鉴定，司法实践中存在两种意见：一种是以古墓葬中的文物来推断和确定古墓葬的性质;另一种是必须对古墓本身予以鉴定和确认。笔者认为，只鉴定古墓中挖掘出来的文物为何年代、属几级保护文物，未对古墓本身作详细鉴定，这不够严密和科学。假设现代墓主人是个文物爱好者，或具有一定地位的人物，他死后陪葬品中有文物，据此推断这是古墓，岂不是一叶障目?这种以偏概全的鉴定方式不能让人信服。而且由于古墓年代久远，有的已难以分辨是否为古墓葬，从中挖掘出来的文物有可能是地下埋藏物、地下文物，也有可能是陪葬品，具有不确定性，以此来鉴定而推断为古墓葬就可能违背客观事实。因此，笔者认为古墓葬不仅仅通过随葬品予以体现，它更多的是通过其本身的结构、材料等能标志特定年代的物品来体现，司法实践中就不能以挖掘的文物来推定其是古墓葬的文物，也不能轻易认定是古墓葬。古墓葬的鉴定对整个案件的处理十分重要，如果盗掘的不是古墓葬，就不适用刑法第三百二十八条，有可能是盗窃(珍贵文物)罪，也可能是侵占罪。
