根据法律规定，伪证罪、拒不执行判决、裁定罪由公安机关立案侦查。笔者认为，此规定主要考虑到伪证行为发生在审判过程中，由法院直接立案违背了控、审分离原则，显然与法院所应保持的中立地位不符。仔细分析起来，该规定不够完备，仅解决了伪证罪的立案管辖问题，并没有明确对该案件立案、审判管辖的回避等问题，这不能不说是个遗憾。伪证罪的追诉程序考虑下述因素：
1.诉讼结构的合理性。“控、辩、裁三方分立，控、辩双方既对立又统一，控裁双方既配合又制约，是我国刑事诉讼构造的基本特点。”在诉讼中，由于公安机关并没有参加法庭审判，对证人作伪证的证据当然无从直接获得，这当然依赖法院或检察院的提供。当有关伪证行为的证据材料由法院提供时，若控诉机关在提起公诉时将该材料移交相同的人民法院，则导致证据提供主体与认证主体的同一，这在实质上仍违背了控、辩、裁诉讼结构的合理性，对当事人而言是不公正的。
2.回避问题。考虑到案件已经进入法庭审判阶段，裁判者已经对证言进行了听证，这时再由检、警机构直接决定并实施对证人的追诉行为，而原因仅仅是证人变更了原来在法庭外提供给公诉方的证言，这无论如何都无法排除人们对其动机的合理怀疑。因此，未经负责审判的法庭允许，检、警机构不得直接对任何证人动用刑事追诉措施。具体制度设计是：公诉人发现证人涉嫌伪证的，应当请求法庭休庭，并申请排除有关证人的作证资格;在法庭作出准许的决定后，公诉人才能对伪证案件加以立案和侦查。当然，侦查、起诉应当由不负责本案处理的警察、检察官实施，原法院对伪证案件无管辖权，审判也应由那些未曾参与过本案审理的法官、陪审员组成合议庭进行。另外，对于证人伪证这一衍生出来的新的案件而言，负责处理原来案件的法官、检察官、警察都与伪证案件的结局产生了千丝万缕的职业上的利害关系。这时再由他们对伪证案件进行侦查、起诉、审判，都将影响司法的公正。显然，这些法官、检察官、警察都应当回避。最后，证人在一诉讼程序中所作的陈述与在另一诉讼程序中所作的陈述不一致时(如一个为民事诉讼程序、另一个刑事诉讼程序)，适用该诉讼程序的主体不得对证人以涉嫌伪证为由立案，采取强制措施。这是违背控辩平衡、背离程序正义的基本要求的。
3.人权保障的最低限度要求。《世界人权宣言》第10条规定：“人人完全平等地有权由一个独立而无偏倚的法庭进行公正的和公开的审讯，以确定他的权利和义务并判定对他提出的任何刑事指控。”《公民权利和政治权利国际公约》第14条规定：“……在判定对任何人提出的任何刑事指控或确定他在一件诉讼案中的权利和义务时，人人有资格由一个依法设立的合格的、独立的和无偏倚的法庭进行公正和公开的审讯……。”
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