抗税罪与妨害公务罪有非常紧密的联系，二者之间有许多相似之处，甚至两者常处于胶合状态。实践中，人们常常把抗税罪与妨害公务罪混淆，给定案和罪名的确定以至于量刑都带来很大的麻烦，直接影响到对刑事犯罪的打击。 因此分清它们的界限与区别，对于理论和实践都是十分必要的。
我国刑法规定的抗税罪是指负有缴纳税款义务的纳税义务人，以暴力、威胁方法拒不缴纳税款的犯罪。而妨害公务罪是指以暴力、威胁等方法阻碍国家机关工作人员依照法律规定执行自己的职务，致使依法执行职务的活动无法正常进行。妨害公务罪与纳税义务人以暴力等手段围攻，殴打税务人员，抗拒缴纳税款的行为有一定的相似之处，但二者也有明显的区别：
1、抗税罪侵害的同类客体是社会主义经济次序，直接客体是国家的税收管理制度；而妨害公务罪侵害的同类客体是社会管理秩序，直接客体是国家机关工作人员的公务活动。
2、抗税罪的动机目的是为了逃避纳税；而妨害公务罪的动机目的是为了阻碍国家机关工作人员依照法律规定执行自己的职务，使职务活动无法正常进行。
3、抗税罪可能使用暴力威胁方法，即行为人对税务人员采取殴打、推搡，伤害等直接侵害人身安全的暴力方法和扬言以拼命的威胁方法拒交税款，或扬言对税务人员及亲属的人身、财产的安全采取伤害、破坏手段，以威胁税务人员；也可能不使用暴力威胁的方法，如软磨硬拖，抗拒不交等；而妨害公务罪则必须以暴力、威胁为前提条件。
4、抗税罪的犯罪主体是特定主体，即必须是法律上负有纳税义务的人；而妨害公务罪的犯罪主体则是一般主体，凡是达到刑事责任年龄具有刑事责任能力的人都可构成。如果无纳税义务的人以暴力、威胁的方法干扰税务人员征收税款，则其行为构成妨害公务罪（在特定的情况下可以构成抗税罪的共犯）。如果有纳税义务的人以暴力围攻、殴打税务人员，企图抗拒纳税，虽然其行为也具有妨害公务的性质，但考虑到行为人的主观目的，则应以抗税罪追究其刑事责任。
