在司法实践中容易混淆，二者的根本区别在于：
一、犯罪的目的不同
非法吸收公众存款罪的犯罪目的是非法占有所募集的资金；而集资诈骗罪的目的则是企图通过吸收公众存款的方式，进行赢利，在主观上并不具有非法占有公众存款的目的。这是两罪最本质的区别。
二、犯罪行为的具体实施方法不同
非法吸收公众存款罪的行为人必须使用诈骗的方法；而集资诈骗罪则不以行为人是否使用了诈骗方法作为构成犯罪的要件之一。
三、侵犯的客体不同
非法吸收公众存款罪侵犯的是复杂客体，不仅侵犯了国家的金融秩序，而且侵犯了出资人的财产所有权；集资诈骗罪侵犯的是单一客体，即国家的金融管理秩序。在有些情况下，非法吸收公众存款的行为人由于经营不善造成亏损，无法兑现其在吸收公众存款时的承诺，甚至给投资人、存款人造成了重大经济损失，但是，这种损失与行为人目的就是侵犯公私财物的所有权不同。
