1.两者侵犯的客体不同。尽管两者侵犯的都是复杂客体，且都包括侵犯了财产所有权，但侧重点不同。合同诈骗罪侵犯的客体主要是合同监管制度;而贷款诈骗罪侵犯的客体则主要是金融管理秩序。
2.两者发生的场合不同。合同诈骗罪发生在签订、履行合同的过程中;而贷款诈骗罪发生在行为人向银行或其他金融机构贷款的过程中。
3.两者侵害的直接对象有所不同。合同诈骗罪直接侵害的对象是对方当事人的财物或者贷款;而贷款诈骗罪侵害的对象是银行或者其他金融机构的贷款。
合同诈骗罪与贷款诈骗罪在法条的规定内容中有包容交叉之处，即法条竞合的现象。遵循特别法优于一般法的原则，由于贷款合同相对于一般合同是特殊合同，所以使用虚假的经济合同诈骗银行或其他金融机构的贷款诈骗罪，相对于合同诈骗罪是“特别法”，二者法条竞合时，优先适用贷款诈骗罪。如：以钱某为首的犯罪团伙，为了骗得一笔巨款逃往国外，伪造一个担保合同，以某市经济开发区股份有限发展公司的名义，向某合作发展银行申请贷款。由于银行工作人员审查不严，同意了钱某获得20万元巨额贷款后即逃往国外。在这个案例中，以钱某为首的犯罪团伙，其行为既发生在签订、履行合同的过程中，又是用欺骗手段骗取了银行贷款，因而同时触犯了刑法有关一般诈骗罪、合同诈骗罪、贷款诈骗罪的规定，产生了法条竞合现象。对钱某等人的行为，应以贷款诈骗罪。
