涉台刑事诉讼，是指大陆的司法机关在当事人和其他诉讼参与人的参加下，依照法定程序行的具有涉台因素的刑事诉讼活动。
涉台刑事诉讼除了要遵守刑事诉讼法所规定的一系列基本原则，例如侦查权、检察权和审判权由专门机关依法行使的原则；分工负责，互相配合，互相制约的原则；依靠群众的原则；以事实为根据、以法律为准绳的原则；公民在法律面前一律平等的原则；公开审判的原则；被告人有权获得辩护的原则等等。还要遵守几项特别原则：维护国家统一，坚持一个中国的原则；尊重历史和现实的原则；平等对待原则；促进两岸交往与合作的原则；及时有效惩治犯罪的原则；真诚合作的原则。
涉台刑事诉讼与一般刑事诉讼、涉外刑事诉讼、台湾涉大陆刑事诉讼，以及涉台案件的刑事诉讼存在着概念上的区别。一般刑事诉讼就是最普通、最通常的刑事诉讼，即处理通常刑事案件而进行的诉讼活动。涉台刑事诉讼则是具有涉台因素的刑事诉讼，具有涉台因素是区别于涉台刑事诉讼和一般刑事诉讼的根本所在。一般刑事诉讼不具有涉台因素，只是在通常情况下进行的刑事诉讼。二者都是刑事诉讼活动，如果说一般刑事诉讼采取的是刑事普通程序，那么涉台刑事诉讼则是刑事特别程序，二者是一般和特殊的关系。正因为如此，导致二者在刑事诉讼活动中有一系列的区别，所以在进行诉讼时需要采取相应特殊的方式、方法和步骤，比如在调查取证、羁押被告人、法律文书的送达，以及生效判决的执行等方面，都要采取一般刑事诉讼所没有的方式、方法和步骤。
涉外刑事诉讼是指司法机关在当事人和诉讼参与人参加下，依法进行的具有涉外因素的刑事诉讼活动。所谓涉外因素，是指在刑事诉讼中涉及外国的一些因素。
涉台刑事诉讼和涉外刑事诉讼有很大的相似性，二者都属于刑事特别程序，和一般的刑事诉讼活动不同，都需要采取一些特殊的方式、方法和步骤。但是，涉台刑事诉讼和涉外刑事诉讼又有明显的不同。前者是具有“涉台”因素的刑事诉讼，后者是具有“涉外”因素的刑事诉讼。这导致了二者在诸多根本问题上又要采取不同的原则、不同的处理方法。根本在于“涉台”涉的是台湾，“涉外”涉的是外国，台湾不是外国，这是一个原则性的问题。因而，涉外刑事诉讼主要是不同国家在刑事诉讼方面相互协作，可能涉及国家主权的问题。而台湾则是中国神圣领土的一部分，台湾和大陆之间的关系不涉及国家与国家的主权问题，而是一国内部的问题。涉台刑事诉讼实质是一国之内不同法域之间的区际司法冲突问题。
台湾涉大陆刑事诉讼是指台湾地区的司法机关在当事人和诉讼参与人的参加下，依照其法定程序，进行的具有涉大陆因素的刑事诉讼活动。
涉台刑事诉讼与台湾涉大陆刑事诉讼合起来可称为两岸互涉刑事诉讼，二者有相似的地方，密切联系，但又有所不同。涉台刑事诉讼是从大陆的角度出发，主要是大陆的司法机关进行的具有涉台因素的各种诉讼活动，在进行具有涉台因素的具体诉讼环节上，可能需要台湾方面的协助，比如请求台湾司法机关协助抓获犯罪嫌疑人，协助调查取证等等，但刑事诉讼的进行主要是大陆司法机关进行的；台湾涉大陆刑事诉讼则刚好反过来，是从台湾的角度出发，主要是台湾的司法机关进行的具有涉大陆因素的各种诉讼活动。
涉台案件的刑事诉讼是指大陆的司法机关处理涉台刑事案件的诉讼活动。一般情况下，涉台刑事诉讼和涉台案件的刑事诉讼是一致的，但又不完全一致。涉台刑事诉讼所包含的内容要广于涉台案件的刑事诉讼。涉台案件的刑事诉讼，前提是涉台的案件，即某一案件具有涉台因素，比如犯罪嫌疑人或被害人，或者犯罪行为等有涉及台湾的因素，处理涉台案件的刑事诉讼也就是涉台刑事诉讼。但涉台刑事诉讼又不限于涉台案件的刑事诉讼，还包括非涉台案件，在诉讼过程中可能某些诉讼行为有涉及台湾的因素。比如犯罪人犯罪后逃到台湾，就其案件讲本非涉台案件，但若进行刑事诉讼追究其刑事责任，诉讼行为需要涉及台湾，这种情况下进行的刑事诉讼也是涉台刑事诉讼，但却不是涉台案件的刑事诉讼。
应当指出，这个区分主要是理论上的一个分析。司法实践中的具体情况则是复杂的，有些是相互交织而融于一体的。
涉台刑事诉讼是我们国家刑事诉讼活动的一个组成部分，是一种特别刑事诉讼活动，虽然在其诉讼中具有涉台因素，但其适用的法律并非台湾的法律，而是中国大陆的法律，包括程序法和实体法。即使那些应台湾司法机关的请求，为其提供司法协助，帮助缉查犯罪嫌疑人，调查收集证据的诉讼活动，也是我们的司法机关依照我们刑事诉讼法规定的方法、步骤进行的。
