司法实践中，认定毒品犯罪的证据，主要有案件线索来源、破案及抓获经过、搜查及追缴笔录、鉴定结论、毒品交易的上线和下线、证人证言和被告人供述等。尽管《全国法院审理毒品犯罪案件工作座谈会纪要》中对贩毒案件的证据认定作了部分规定，但在实践中，由于毒品案件的特殊性及侦查机关取证时出现的一些问题，使得一些案件在证据上如何认定仍然成为困扰审判机关定案的难题。
在侦查阶段中，由于取证中存在的难度及办案人员自身的因素，导致在取证阶段存在的问题有：
1、口供之外与毒品有关联的物证的收集不到位。被告人作了有罪供述并与吸毒人员的陈述相一致后，不再去补充到有价值的东西。
2、对缴获的毒品没有用其他方式加以固定。对缴获的毒品，没有将与被告人核实等情况记录在案，结果出现了被告人有异议时，现有证据系形不成证据锁链。如笔者审理的一起贩卖毒品案件，被告人与吸毒人员交易后逃离现场，侦查人员从吸毒者身上追缴了毒品。在审判阶段，被告人当庭提出从吸毒人员身上搜查的毒品不是其贩卖的毒品。经查，扣押笔录中无被告人签字，对搜缴的毒品无照片加以固定，被告人被抓获后亦辨认笔录，毒品来源不清，导致法院落不好认定。
3、鉴定工作缺乏规范性。对一案查获的多包可疑物品，只对其中一包抽样检验其成分及重量，定性结论却囊括全部。
