对单位犯罪实行两法制，刑法对单位犯罪在绝大部分情况下采取两法制。在两法制中，对单位是判处罚金，判处罚金采取无限额罚金制，即对罚金的数额未作规定。在两法制中，对直接负责的主管人员和直接责任人员是判处刑罚，这里的刑罚包括自由刑与罚金，主要是自由刑。
对个人判处自由刑的，又有以下两种情况：
１、在绝大多数情况下，判处与个人犯罪相同刑罚。例如刑法第220条规定了，单位犯侵犯知识产权罪的，对单位判处罚金，并对其直接负责的主管人员和其他直接责任人员，依照本节各该条的规定处罚。这里所谓依照本节各该条的规定处罚，就是指依照对个人犯罪的规定处罚。
２、在少数情况下，判处低于个人犯罪的刑罚。例如个人犯受贿罪的，最重可以判处死刑，但根据刑法第387条规定：“国家机关、国有公司、企业、事业单位、人民团体，索取、非法收受他人财物，为他人谋取利益，情节严重的，对单位判处罚金，并对其直接负责的主管人员和其他直接责任人员，处五年以下有期徒刑或者拘役。”
承载犯意的最终主体不同。单位犯罪中，除了存在直接负责的主管人员和其他直接责任人员的犯意外，还存在一个单位犯意，并且最终是以单位整体犯意来追究的，即在单位犯罪中，犯罪活动是以单位的名义实施的，个人意志要通过单位的意志表现出来。共同犯罪中，除了各个共同犯罪人的犯意外，不存在其他犯意，犯罪活动一般就是以犯罪分子的名义实施的，不存在以另一个单位的名义实施犯罪的情况，即使是以另一个单位的名义实施的，也不能代表该单位的意志。这是区分单位犯罪和共同犯罪的一个重要标准。
犯罪动机不同。单位犯罪中，各犯罪人实施犯罪活动的动机是为了实现单位利益。共同犯罪中，各共同犯罪人实施犯罪活动的动机是为了实现个人目的。这是区分单位犯罪和共同犯罪的另一个重要标准。当某些犯罪分子利用单位的名义实施犯罪时，究竟是按照单位犯罪处理，还是按照共同犯罪处理，就必须考查是为了个人利益还是为了单位利益。
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