一、审查立案阶段
从严格意义上讲，自诉案件在审查立案阶段尚未进入刑事诉讼程序，对于被害人(或起诉人)向人民法院提起刑事自诉，人民法院经审查后，发现证据不足作何处理，虽然刑事诉讼法及相关司法解释未作明文规定，但是，笔者认为，人民法院应和审查民事、行政案件立案时一样，应当作出不予受理的书面裁定，以对被害人(或起诉人)的起诉权作出积极明确的否定评价。被害人对裁定不服，和民事、行政案件的起诉人一样有权向上一级人
民法院提起上诉。对于其中可由公安机关受理的，亦可同时建议被害人向公安机关控告。审判实践中，人民法院审查自诉案件立案时发现证据不足，仅向被害人(或起诉人)口头告知不予受理而未给被害人(或起诉人)作出明确的书面裁定，或者向被害人(或起诉人)作出书面答复方式不当，如作出不予立案(受理)通知书等，是欠妥的。
二、立案后至开庭前阶段
自诉案件在此阶段已经进入刑事诉讼程序，但尚未进入案件实体审理阶段。依照刑事诉讼法第一百七十一条第一款规定，自诉案件开庭审判应当同时具备犯罪事实清楚、有足够的证据两个条件。而对于证据不足的自诉案件，是不具备开庭审理条件的，显然人民法院不应开庭审理，而应责令自诉人限期补充证据，在自诉人补证不足的情况下，应当说服自诉人撤回自诉或者裁定驳回自诉人的自诉。
两高、三部、一委《关于刑事诉讼法实施中若干问题的规定》第四条，其中第一款对于刑事诉讼法第一百七十条第二项所规定的“被害人有证据证明的轻微刑事案件”加以具体解释，共罗列了八项案件，其中第二款又规定“上述所列八项案件中，被害人直接向人民法院起诉的，人民法院应当依法受理，对于其中证据不足、可由公安机关受理的，应当移送公安机关立案侦查。”由此看出，对于该条所规定的八项自诉案件，虽然自诉人举证不足，但是案件如果可由公安机关受理的，应当移送公安机关立案侦查，是不能说服自诉人撤回自诉或者裁定予以驳回的。
《最高人民法院关于执行〈中华人民共和国刑事诉讼法〉若干问题的解释》第一条规定了人民法院直接受理的自诉案件的范围，其中第二项列举了和上述规定相同的八项“被害人有证据证明的轻微刑事案件”，同时该项中又规定“对上列八项案件，被害人直接向人民法院起诉的，人民法院应当依法受理。对于证据不足，可由公安机关受理的……应当移送公安机关立案侦查。”由此同样看出，除刑事诉讼法第一百七十条第一项所规定的“告诉才处理的案件”和第三项所规定的“公安机关、人民检察院不予追究被告人刑事责任的案件”，人民法院发现证据不足，不能移送公安机关立案侦查外，对于该条第二项所规定的“被害人有证据证明的轻微刑事案件”，如果证据不足，可由公安机关受理的，应当移送公安机关立案侦查。这和上述两高、三部、一委规定的精神是一致的。
《公安部关于公安机关办理刑事案件程序规定》第十四条第二款规定：“对人民法院直接受理的被害人有证据证明的刑事案件，因证据不足驳回自诉，可以由公安机关受理并移交的，公安机关应当受理。”该条规定与上述司法解释相衔接，符合司法解释的意图。
综上，对于自诉案件在立案后至开庭前，人民法院发现证据不足，应当根据案件的性质作出不同的处理方式，对于告诉才处理的案件和公安机关、人民检察院不予追究被告人刑事责任的案件，应当说服自诉人撤回自诉或者裁定驳回；对于被害人有证据证明的轻微刑事案件，可由公安机关受理的，应当移送公安机关立案侦查。
三、开庭后至宣判阶段
自诉案件在此阶段已经进入案件实体审理环节。《最高人民法院关于执行〈中华人民共和国刑事诉讼法〉若干问题的解释》第二百零五条规定：“审理自诉案件，应当参照刑事诉讼法第一百六十二条和本解释第一百七十六条的有关规定作出判决”。刑事诉讼法第一百六十二条第(三)项规定：“证据不足，不能认定被告人有罪的，应当作出证据不足、指控的犯罪不能成立的无罪判决”。上述解释第一百七十六条第(四)项规定：“证据不足，不能认定被告人有罪的，应当以证据不足，指控的犯罪不能成立，判决宣告被告人无罪。”依照上述法律及司法解释的规定可以看出，自诉案件一旦经过开庭进入实体审理阶段，人民法院发现证据不足，应当依法对被告人作出实体判决，以证据不足判决宣告被告人无罪，而不能裁定驳回自诉人的自诉。当然，自诉人在宣告判决前，可以同被告人自行和解或者撤回自诉。
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